结论前置：公司欠你钱，拿车子抵债但车过不了户，写协议是有一定作用的，但协议不能完全替代过户的法律效力，且存在一定风险。以下从不同角度为你详细分析：

协议的法律效力

1. 协议具有合同效力：从合同法的角度来看，你与公司之间就车辆抵债事宜签订的协议，是双方真实意思表示的体现，只要协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议在双方之间是具有合同效力的。这意味着，一旦签订协议，双方都应当按照协议的约定履行各自的义务，如果一方违约，另一方可以依据协议追究其违约责任。例如，如果公司未按协议约定交付车辆或者车辆存在严重质量问题，你可以要求公司承担相应的违约责任，如赔偿损失等。
2. 协议不能对抗善意第三人：然而，由于车辆未能办理过户手续，车辆的所有权在法律上仍然属于公司。这就意味着，如果公司在未告知你的情况下，又将车辆出售给第三人，且第三人善意取得车辆（即第三人不知道也不应当知道车辆存在抵债等纠纷，并且支付了合理的对价，办理了相关的登记手续等），那么你将无法依据与公司的协议要求第三人返还车辆。此时，你只能依据协议向公司主张违约责任，但可能面临公司无力赔偿等风险。

车辆过户的重要性

1. 明确所有权归属：车辆过户是将车辆的所有权从一方转移到另一方的法定程序。只有办理了过户手续，车辆的所有权才真正发生转移，你才能成为车辆的合法所有人。在未过户的情况下，车辆在法律上仍然属于公司，你只是基于协议享有对车辆的使用权等部分权益，但不能完全排除公司对车辆的权利主张。
2. 避免潜在纠纷：办理车辆过户手续可以避免因车辆所有权不明确而引发的各种潜在纠纷。例如，如果车辆在未过户期间发生交通事故，根据法律规定，车辆的所有权人可能需要承担相应的法律责任。如果车辆仍然登记在公司名下，那么公司可能会被认定为车辆的所有权人，从而承担相应的赔偿责任。虽然你可以依据协议向公司追偿，但这无疑会增加你的维权成本和风险。

法律建议

1. 尽量办理过户手续：如果条件允许，建议你尽量与公司协商办理车辆过户手续。你可以向公司说明过户的重要性，以及未过户可能带来的法律风险和纠纷，争取公司的配合。如果公司拒绝办理过户手续，你可以考虑通过法律途径解决，如向法院提起诉讼，要求公司履行过户义务。
2. 完善协议内容：在签订协议时，要确保协议内容详细、明确，包括车辆的基本信息（如车牌号、车架号、发动机号等）、抵债金额、交付时间、交付地点、违约责任等条款。同时，可以要求公司在协议中承诺在协议签订后一定期限内办理车辆过户手续，并约定如果公司未能按时办理过户手续，应承担的违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
3. 保留相关证据：在与公司协商和签订协议的过程中，要注意保留相关的证据，如聊天记录、邮件、协议文本、车辆交付凭证等。这些证据在后续可能发生的纠纷中，将起到至关重要的作用，可以帮助你证明自己的主张，维护自己的合法权益。

最后，车辆抵债但未过户的情况下，写协议虽然有一定作用，但不能完全保障你的权益。建议你尽量办理车辆过户手续，并在签订协议时完善相关条款，保留好相关证据。如果你在处理过程中遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。