结论：工程已经使用二年再申请鉴定镀锌层厚度，是否可以不认可，这并非一个绝对的问题，而是需要根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：

1. 合同条款的约定：

   • 如果合同中明确规定了镀锌层厚度的标准，以及验收的时间和方式，那么在工程使用二年后，如果发现镀锌层厚度不符合合同约定，理论上仍然可以提出异议并进行鉴定。但此时，对方可能会以“已过质保期”或“已实际使用”为由进行抗辩。
   • 如果合同中没有明确规定验收后的异议期限或镀锌层厚度的质保期，那么从合同法的角度来看，你仍然有权在发现质量问题后提出异议，并进行鉴定。

2. 质保期的考虑：

   • 通常情况下，工程材料或构件会有一定的质保期。如果镀锌层厚度的质保期为二年或更长，那么在质保期内发现厚度不足，当然可以提出异议并进行鉴定。
   • 如果质保期已过，对方可能会拒绝承担责任。但此时，如果能够证明镀锌层厚度不足是由于对方在生产或施工过程中的过错导致的，仍然有可能通过法律途径追究对方的责任。

3. 实际使用的影响：

   • 工程已经使用二年，镀锌层可能因环境因素（如腐蚀、磨损等）而发生变化。这可能会影响鉴定的结果，使得鉴定出的厚度与原始厚度存在差异。
   • 如果能够证明镀锌层厚度的减少是由于正常使用过程中的自然损耗，而非对方的生产或施工过错，那么对方可能不需要承担责任。但如果能够证明厚度的减少是由于对方的产品或施工质量问题导致的，那么对方仍然需要承担相应的责任。

4. 法律程序和证据收集：

   • 如果决定进行鉴定，需要确保鉴定机构的权威性和鉴定程序的合法性。同时，需要收集充分的证据来支持自己的主张，如合同、施工图纸、验收记录、使用过程中的维护记录等。
   • 在法律程序中，需要遵循相关的诉讼规则和证据规则，确保自己的权益得到充分保障。

建议：

• 在决定是否进行鉴定之前，建议先仔细审查合同条款，了解质保期的规定以及验收的标准和方式。
• 收集与镀锌层厚度相关的所有证据，包括施工过程中的记录、验收报告、使用过程中的维护记录等。
• 咨询专业的律师或鉴定机构，了解鉴定的可行性和可能的结果，以及通过法律途径追究对方责任的可能性。

如果有任何进一步的疑问或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的解答。