结论：工程验收后三年，实际使用五年后，在符合一定条件下，是可以申请鉴定的。不过，具体能否申请鉴定以及鉴定的结果，会受到多种因素的影响，下面我将从不同角度为您详细分析。

一、申请鉴定的法律依据与条件

在建设工程领域，申请鉴定通常与工程质量争议、责任归属等问题紧密相关。根据《建设工程质量管理条例》等相关法律法规，如果工程在验收后出现质量问题，或者对工程质量存在争议，相关方（如业主、施工单位等）有权申请进行工程质量鉴定。

关键点：

1. 质量问题存在：申请鉴定的前提是工程存在质量问题或争议，这需要通过专业鉴定来确认。
2. 鉴定申请时机：虽然工程已经验收并使用了多年，但只要质量问题在合理期限内被发现或提出，且符合相关法律法规关于诉讼时效的规定，就可以申请鉴定。
3. 鉴定机构选择：应选择具有相应资质和经验的鉴定机构进行鉴定，以确保鉴定结果的准确性和权威性。

二、实际使用年限对鉴定申请的影响

工程实际使用五年后申请鉴定，可能会面临一些挑战，但并非不可行。

分析角度：

1. 证据保存：随着时间的推移，一些关键证据（如施工记录、材料样本等）可能已经丢失或损坏，这会增加鉴定的难度。但如果有充分的证据保存或能够通过其他方式还原事实，鉴定仍然可以进行。
2. 责任归属：如果工程在验收时已经合格，但使用过程中因维护不当或第三方原因导致质量问题，那么责任归属可能会成为争议焦点。鉴定结果将有助于明确责任方。
3. 诉讼时效：虽然工程已经使用了五年，但需要关注相关法律法规关于诉讼时效的规定。如果质量问题在诉讼时效内被发现或提出，且没有其他法定障碍，就可以申请鉴定。

三、申请鉴定的流程与注意事项

申请流程：

1. 准备材料：收集与工程质量相关的所有证据材料，包括施工合同、验收报告、使用过程中的维护记录等。
2. 选择鉴定机构：根据工程类型和争议焦点，选择具有相应资质和经验的鉴定机构。
3. 提交申请：向选定的鉴定机构提交鉴定申请，并附上相关证据材料。
4. 配合鉴定：在鉴定过程中，积极配合鉴定机构的工作，提供必要的协助和信息。

注意事项：

1. 及时申请：一旦发现工程质量问题或争议，应尽快申请鉴定，以免错过诉讼时效或证据灭失。
2. 全面准备：在申请鉴定前，应全面准备相关证据材料，确保鉴定的顺利进行。
3. 专业咨询：在申请鉴定过程中，如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到充分保障。

四、可能面临的法律后果

如果鉴定结果显示工程存在质量问题，且责任在施工单位或其他相关方，那么业主有权要求施工单位承担修复、赔偿等责任。同时，如果质量问题严重到影响工程安全或使用功能，还可能涉及行政处罚或刑事责任。

总结：工程验收后三年，实际使用五年后，在符合一定条件下是可以申请鉴定的。但具体能否申请以及鉴定的结果，会受到多种因素的影响。如果您面临类似情况，建议尽快收集相关证据材料，并咨询专业律师的意见，以便更好地维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。