工程结束5年后进行司法鉴定，在符合法定条件的情况下仍然是合法的。以下从多个角度为你详细分析：

法律对司法鉴定时间的一般规定

司法鉴定并没有一个绝对固定的时间限制，说工程结束后多久就不能进行鉴定了。关键在于鉴定事项是否与待证事实有关联，以及是否能够通过现有的技术手段、证据材料等进行准确鉴定。只要满足这两个基本条件，即便工程已经结束多年，依然可以启动司法鉴定程序。

诉讼时效与司法鉴定的关系

在涉及工程纠纷的诉讼中，诉讼时效是一个重要的考量因素。根据《中华人民共和国民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间一般为三年（特殊情况除外）。但这并不意味着超过三年就不能进行司法鉴定了。诉讼时效主要影响的是权利人能否通过诉讼获得法院的保护，而司法鉴定是为了查明案件事实、确定责任等。

• 如果诉讼时效未过：当事人可以正常提起诉讼，并在诉讼过程中申请司法鉴定，以支持自己的主张。例如，因工程质量问题产生纠纷，工程结束5年后发现质量问题，此时诉讼时效可能尚未起算（如果不知道权利被侵害）或者尚未届满，当事人可以起诉并申请对工程质量进行鉴定。
• 如果诉讼时效已过：虽然权利人可能失去通过诉讼获得法院强制保护的权利，但如果对方自愿履行义务或者双方愿意通过协商、调解等方式解决纠纷，仍然可以进行司法鉴定。比如，双方就工程价款结算产生争议，即使超过了诉讼时效，但为了准确核算工程量、确定价款，双方可以共同委托司法鉴定机构进行鉴定。

证据保存情况对司法鉴定的影响

工程结束后时间过长，可能会导致一些关键证据的灭失或损坏，这会对司法鉴定产生一定的影响。但如果当事人能够提供足够的、与鉴定事项相关的其他证据材料，或者鉴定机构能够通过现有的技术手段克服证据不足的困难，仍然可以进行鉴定。

例如，在工程结算纠纷中，虽然原始的施工记录、签证单等部分证据可能已经丢失，但如果当事人能够提供合同、付款凭证、往来函件等其他证据，且这些证据能够与鉴定事项建立一定的关联性，鉴定机构仍然可以根据这些材料以及现场勘查等情况进行鉴定。

实际操作中的建议

1. 及时收集和保存证据：无论工程是否结束，当事人都应该及时收集和保存与工程相关的各种证据材料，如合同、图纸、施工记录、验收报告、往来函件等。这些证据在后续可能发生的纠纷中，对于支持自己的主张、顺利进行司法鉴定都至关重要。
2. 咨询专业鉴定机构：如果对工程结束多年后能否进行司法鉴定存在疑问，可以咨询专业的司法鉴定机构。鉴定机构具有专业的技术和经验，能够根据具体情况评估鉴定的可行性和难度，并给出相应的建议。
3. 考虑诉讼策略：在涉及工程纠纷的诉讼中，当事人应该根据具体情况制定合理的诉讼策略。如果担心诉讼时效问题，可以在起诉前先与对方进行协商或发送律师函等，以中断诉讼时效；同时，积极准备证据材料，为司法鉴定做好充分准备。

如果你在工程纠纷中遇到了相关问题，或者对司法鉴定、诉讼时效等方面有进一步的疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细、更专业的解答。