工程司法鉴定确实会以合同为依据，但并非唯一依据。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

一、合同作为鉴定依据的重要性

在工程司法鉴定中，合同是确定双方权利义务关系的基础文件，它详细规定了工程的质量标准、工期、价款等关键条款。因此，合同内容对于鉴定工程的质量、造价、工期等关键问题具有至关重要的参考价值。鉴定机构在受理鉴定申请后，通常会首先审查合同内容，以明确双方约定的具体标准和要求。

二、合同并非唯一鉴定依据

尽管合同在工程司法鉴定中占据重要地位，但它并非唯一的鉴定依据。在实际鉴定过程中，鉴定机构还会综合考虑以下因素：

1. 相关法律法规：如《建筑法》、《建设工程质量管理条例》等，这些法律法规对工程质量、安全等方面提出了强制性要求，鉴定机构在鉴定过程中必须予以遵守。
2. 行业标准和技术规范：如各类工程施工规范、验收标准等，这些标准和技术规范是判断工程质量是否达标的重要依据。
3. 实际施工情况：包括施工过程中的变更、签证、隐蔽工程验收记录等，这些资料能够反映工程的实际施工情况，对于鉴定工程的质量、造价等问题具有重要参考价值。
4. 其他证据材料：如双方当事人的陈述、证人证言、照片、视频等，这些证据材料能够辅助鉴定机构更全面地了解工程情况，从而作出更准确的鉴定结论。

三、合同与鉴定结论的关系

1. 合同约定明确且合法有效：如果合同中的约定明确且合法有效，且实际施工情况与合同约定相符，那么鉴定结论通常会以合同为依据，认定工程的质量、造价等符合合同约定。
2. 合同约定不明确或存在争议：如果合同中的约定不明确或存在争议，或者实际施工情况与合同约定存在偏差，那么鉴定机构在作出鉴定结论时，会综合考虑合同内容、相关法律法规、行业标准和技术规范以及实际施工情况等因素，以作出更公正、合理的鉴定结论。
3. 合同无效或被撤销：如果合同因违反法律法规的强制性规定或存在欺诈、胁迫等情形而被认定无效或被撤销，那么鉴定机构在作出鉴定结论时，将不会以该合同为依据，而是会依据相关法律法规和行业标准等技术规范进行鉴定。

四、法律建议

1. 在签订合同时，双方应尽可能明确约定工程的质量标准、工期、价款等关键条款，以避免后续争议。
2. 在施工过程中，双方应严格按照合同约定履行义务，并妥善保存相关证据材料，如变更签证、隐蔽工程验收记录等，以备后续鉴定之需。
3. 如发生争议，双方应首先通过协商、调解等方式解决争议；如协商、调解不成，可依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁，并委托具有相应资质的鉴定机构进行工程司法鉴定。

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