工程鉴定结论与合同条款的适用关系，需根据具体情况分析。

一. 若工程鉴定结论与合同条款无冲突：

1. 合同条款继续适用。工程鉴定结论只是对工程质量的客观评价，若该结论并未否定或违反合同条款的约定，那么合同条款依然具有法律约束力，双方应继续按照合同条款履行各自的权利和义务。
2. 实例说明：假设合同条款规定工程应达到某一质量标准，而工程鉴定结论也表明工程达到了该标准，此时合同条款当然继续适用，无需因鉴定结论而做出调整。

二. 若工程鉴定结论与合同条款存在冲突：

1. 需分析冲突原因及责任。首先，要查明工程鉴定结论与合同条款冲突的具体原因，是由于工程质量确实存在问题，还是由于鉴定标准与合同条款约定的标准不一致等。其次，要根据查明的原因，判断责任归属，是施工方的责任，还是设计方、监理方等其他方的责任。
2. 根据冲突情况及责任归属决定合同条款的适用。若工程鉴定结论表明工程质量存在问题，且责任在施工方，那么施工方应承担相应的违约责任，此时合同条款中关于违约责任的规定应得到适用。若冲突是由于其他非施工方原因导致，如设计错误、监理失职等，则应根据实际情况，决定是否需要调整或解除合同条款。
3. 实例说明：假设合同条款规定工程应使用某种特定材料，但工程鉴定结论显示实际使用的材料并非合同约定的材料，且这一差异导致了工程质量问题。此时，合同条款中关于材料使用的约定显然与鉴定结论存在冲突，需要根据责任归属来决定是否适用该条款，或是否需要调整合同条款。

三. 特别提示：

• 无论工程鉴定结论与合同条款是否存在冲突，双方都应保持冷静，通过协商或法律途径解决争议，避免采取过激行为导致矛盾升级。
• 在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师，以便更准确地理解合同条款和工程鉴定结论的法律意义，以及如何根据具体情况做出最合适的法律选择。

我建议，在处理工程鉴定结论与合同条款的适用关系时，应充分考虑鉴定结论的客观性和合同条款的法律约束力，根据具体情况做出合理判断。如有进一步需要，您可以继续咨询我。