结论：员工上了两天班借了老板5000元钱就跑了，这一行为是否构成诈骗，需结合具体情况及诈骗罪的构成要件来综合分析。以下是对此问题的详细阐述：
诈骗罪的构成要件分析
虚构事实或隐瞒真相：
- 若员工在借款时编造了虚假理由，如声称家人重病急需治疗等，或者隐瞒了自身无还款能力的事实，使得老板基于这些错误的认识而借款给员工，那么这一行为就符合了诈骗罪中的“虚构事实或隐瞒真相”要件。
具有非法占有目的：
- 如果员工从一开始就无意归还借款，借款后立即挥霍、赌博或者切断与老板的所有联系，这表明其主观上具有非法占有的故意，这是诈骗罪的重要特征。
达到数额标准：
- 诈骗公私财物价值需要达到一定数额才可能构成诈骗罪。虽然具体数额标准因地区而异，但通常三千元至一万元以上就可能构成诈骗。在此案例中，员工借款5000元，若该金额达到当地诈骗罪的数额标准，则可能面临刑事指控。
不构成诈骗罪的情况
- 如果员工借款时的理由是真实的，且原本有还款意愿，但因后续出现的特殊情况（如生意失败、突发疾病等）导致无法按时还款，且未故意逃避还款责任，即便暂时失联，也通常不被视为诈骗罪。
- 在这种情况下，老板可以通过民事诉讼途径要求员工偿还借款，以维护自己的合法权益。
法律程序与建议
报警与刑事诉讼：
- 若老板认为员工的行为构成诈骗，可以向公安机关报案。公安机关会进行调查和判断，如果最终认定为诈骗，将按照刑事诉讼程序追究员工的刑事责任。
民事诉讼：
- 对于不构成诈骗的民事借贷纠纷，老板可以向法院提起民事诉讼，要求员工偿还借款及利息等。在民事诉讼中，老板需要提供借款合同、转账记录等证据来证明借款事实的存在。
实际操作中的注意事项
- 证据收集：老板在报案或提起民事诉讼前，应尽可能收集相关证据，如借款时的聊天记录、转账记录、员工的工作记录等，以证明借款事实及员工的借款意图。
- 法律咨询：由于法律问题的复杂性，老板在采取行动前最好咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到妥善维护。
综上所述，员工借老板钱后跑路是否构成诈骗，需根据员工借款时的意图、实际情况以及借款金额等因素综合判断。老板在遇到此类情况时，应冷静分析并采取合适的法律措施来维护自己的权益。如果你有任何进一步的疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。