核心结论：劳动合同与A公司签订，但社保在B公司缴纳，发生劳动纠纷时，劳动者可依据实际用工关系确定责任主体，通过协商、投诉或诉讼等途径维权。以下从不同角度展开说明：
1. 责任主体认定：以实际用工关系为准
- 法律原则：根据《劳动合同法》及《关于确立劳动关系有关事项的通知》，劳动关系认定以“实际用工”为核心，而非仅看合同签订主体或社保缴纳单位。若劳动者实际为A公司提供劳动、接受A公司管理，则A公司为实际用人单位，需承担劳动法责任（如工资支付、经济补偿等）。
- 例外情形：若B公司是A公司的关联企业（如子公司、分公司），或存在“代缴社保”的合法协议（如劳务派遣、集团内部调配），则可能需结合具体协议判断责任分担。但若B公司未参与用工管理，仅代缴社保，通常不视为用人单位。
2. 劳动纠纷处理路径
- 步骤一：固定证据
收集能证明实际用工关系的证据，如：
- 工资发放记录（A公司账户或指定账户）；
- 考勤记录、工作证、工服等；
- 与A公司管理人员的沟通记录（微信、邮件等）；
- 社保缴纳记录（证明B公司仅代缴，未参与用工）。
- 步骤二：协商或投诉
- 协商：直接与A公司沟通，要求按劳动法履行义务（如补发工资、支付补偿金等）。
- 投诉：向当地劳动监察大队投诉A公司违法行为（如未签合同、未缴社保等），或投诉B公司违规代缴社保（若涉及虚假劳动关系）。
- 步骤三：申请仲裁或诉讼
- 仲裁：以A公司为被申请人，向劳动合同履行地或A公司所在地的劳动仲裁委申请仲裁，主张工资、加班费、经济补偿等。
- 诉讼：若对仲裁结果不服，可向法院起诉。若涉及社保问题，可同步向社保部门投诉，要求A公司补缴或B公司协助处理。
3. 特殊情形处理
- 劳务派遣关系：若A公司为劳务派遣单位，B公司为用工单位，则根据《劳务派遣暂行规定》，劳动者可同时要求A、B公司承担连带责任（如未及时支付工资、工伤赔偿等）。
- 关联企业混同用工：若A、B公司存在财务、管理混同（如法定代表人相同、办公场所混用），可主张两公司承担连带责任，需提供混同证据（如财务账目、工资发放记录等）。
4. 风险提示
- 社保代缴的合法性：若B公司无合法资质代缴社保（如未与A公司签订协议），可能面临行政处罚，但不影响劳动者向A公司主张权益。
- 时效问题：劳动仲裁时效为1年，自知道或应当知道权益受损之日起计算，建议尽快维权。
建议：根据实际用工情况，优先固定证据并尝试与A公司协商；若协商无果，及时向劳动监察部门投诉或申请仲裁。如有复杂情形（如关联企业、劳务派遣），可进一步提供细节，我会为您分析具体维权策略。