结论：行政机关将履行法定职责申请书提交的证据认定为举报材料，可能源于对材料性质的理解偏差、材料内容本身的模糊性、行政机关的内部规定或操作习惯，以及法律程序上的混淆。以下是对此问题的详细分析：

1. 对材料性质的理解偏差：

   • 分析：行政机关可能由于对“履行法定职责申请书”及其提交证据的性质理解不够准确，而将其误认为是举报材料。履行法定职责申请书通常是公民、法人或其他组织要求行政机关履行其法定职责的正式请求，而举报材料则更多是指向行政机关揭露违法行为或提供违法线索的材料。
   • 建议：在提交履行法定职责申请书时，应明确标注材料的性质和目的，以便行政机关准确理解并处理。

2. 材料内容本身的模糊性：

   • 分析：如果提交的证据材料内容不够明确，或者同时包含了请求行政机关履行职责和举报违法行为的双重内容，行政机关可能会根据其主要内容或倾向性将其认定为举报材料。
   • 建议：在准备证据材料时，应确保内容清晰、明确，避免混淆不同性质的信息。如果确实需要同时包含多种内容，应在材料中明确区分并说明。

3. 行政机关的内部规定或操作习惯：

   • 分析：某些行政机关可能有其内部的材料分类和处理规定，或者长期形成的操作习惯，导致对特定类型的材料倾向于归类为举报材料。
   • 建议：了解并遵循行政机关的内部规定和操作习惯，或者在提交材料时与行政机关进行沟通，确认材料的分类和处理方式。

4. 法律程序上的混淆：

   • 分析：在法律程序中，履行法定职责申请和举报可能涉及不同的程序和要求。如果行政机关对这两者的程序要求不够熟悉，或者由于工作疏忽，可能会将履行法定职责申请书提交的证据误认为是举报材料。
   • 建议：在提交材料时，可以附上相关的法律条文或程序说明，帮助行政机关准确理解并处理。同时，也可以要求行政机关出具书面接收证明或处理意见，以明确材料的性质和处理结果。

进一步思考：

• 如果行政机关坚持将履行法定职责申请书提交的证据认定为举报材料，并且这一认定影响了你的合法权益，你可以考虑通过行政复议或行政诉讼等法律途径来维护自己的权益。
• 在处理此类问题时，建议保留好所有相关的证据材料，包括提交的材料、行政机关的接收证明或处理意见等，以便在需要时提供证明。

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