结论：要合法查明银行流水显示被执行人协助者第三人转入的大量资金是否为合法收入，可以通过申请法院调查令、利用律师调查权、向相关机构查询以及通过诉讼程序申请证据保全等多种途径进行。
分析说明：
申请法院调查令：
- 在诉讼过程中，如果认为被执行人协助者第三人转入的资金可能涉及非法来源或需要进一步查明事实，可以向法院申请调查令。
- 法院调查令具有法律效力，持令律师或当事人可以依法向银行、金融机构等查询相关账户的交易记录，以获取资金来源和流向的详细信息。
利用律师调查权：
- 作为律师，在代理案件过程中，有权根据案件需要向相关单位或个人进行调查取证。
- 如果怀疑资金来源不合法，可以依法向银行、税务、工商等部门查询相关信息，但需注意遵守法律法规和职业道德规范，不得侵犯他人合法权益。
向相关机构查询：
- 如果知道资金可能来源于某个特定机构或个人，可以直接向该机构或个人查询资金来源和性质。
- 例如，如果怀疑资金来源于某个公司或企业的账户，可以向该公司或企业查询相关交易记录和资金流向。
通过诉讼程序申请证据保全：
- 在诉讼过程中，如果认为相关证据可能灭失或以后难以取得，可以向法院申请证据保全。
- 证据保全可以确保相关证据在诉讼过程中得到妥善保存和呈现，有助于查明资金来源和性质。
特殊场景：
- 如果被执行人协助者第三人转入的资金涉及刑事犯罪（如洗钱、诈骗等），则应当及时向公安机关报案，由公安机关依法进行调查和处理。
- 在涉及跨境资金流动的情况下，还需要考虑国际法律合作和跨境调查取证的复杂性。
行动建议：
- 在采取任何调查行动之前，建议先咨询专业律师，了解相关法律法规和程序要求，确保调查行动的合法性和有效性。
- 在调查过程中，注意保护个人隐私和商业秘密，避免侵犯他人合法权益。
- 如果发现资金来源不合法或存在其他违法行为，应当及时向相关部门报告，并配合相关部门进行调查和处理。
法律背景：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》等相关法律法规的规定，当事人和律师在诉讼过程中有权进行调查取证，但需遵守法律法规和职业道德规范。
- 银行、金融机构等有义务配合法院和律师的调查取证工作，提供相关账户的交易记录和资金流向信息。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。