结论：在证明两人有不正当关系的情况下，一般不能直接查询第三者的银行流水，除非在特定法律程序下，如诉讼过程中，通过合法途径申请法院调查取证。
分析说明：
隐私权保护：
- 银行流水属于个人隐私信息，受到法律保护。未经本人同意，任何单位或个人不得非法查询、泄露或利用他人的银行流水信息。
- 即使怀疑两人有不正当关系，也不能直接查询第三者的银行流水，因为这侵犯了第三者的隐私权。
合法调查途径：
- 在诉讼过程中，如果一方当事人认为另一方与第三者存在不正当关系，且该关系与案件事实有关，可以向法院申请调查取证。
- 法院在审查申请后，如果认为有必要，会依法向银行发出调查令或协助执行通知书，要求银行提供相关银行流水信息。
- 但这一过程必须严格遵循法律程序，不能由个人私自进行。
证据效力与合法性：
- 即使通过合法途径获取了第三者的银行流水信息，也需要确保该证据的合法性和关联性。
- 银行流水信息只能作为辅助证据，不能单独作为证明两人有不正当关系的直接证据。
- 法院在审理案件时，会综合考虑所有证据，包括银行流水、证人证言、物证等，来形成完整的证据链。
法律建议：
- 如果您怀疑配偶与第三者存在不正当关系，并希望获取相关证据，建议首先通过合法途径收集证据，如聊天记录、照片、视频等。
- 在诉讼过程中，如果需要查询第三者的银行流水信息，应向法院提出申请，并遵循法律程序进行。
- 避免采取非法手段获取证据，以免侵犯他人隐私权并承担法律责任。
后续行动与可能后果：
- 如果您决定通过法律途径解决争议，建议咨询专业律师，了解具体法律程序和可能的风险。
- 非法查询他人银行流水信息可能面临法律制裁，包括罚款、拘留等。因此，务必遵守法律法规，不要采取非法手段。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。