结论前置：若法院通过调查令查出被执行人银行流水显示其从公司拿钱，需根据资金性质、用途及法律关系分情况处理，可能涉及执行程序推进、财产追回或法律责任追究。以下是具体分析：

1. 若资金属于被执行人个人财产，但被隐藏或转移

• 法律定性：根据《民事诉讼法》第242条，被执行人未按执行通知履行义务，法院有权查询、扣押、冻结、划拨其财产。若银行流水显示被执行人通过公司账户转移资金以逃避执行，可能构成“隐藏、转移财产”。
• 处理方式：
  • 执行追加：法院可依据《最高人民法院关于民事执行中变更、追加当事人若干问题的规定》，追加公司为被执行人（若公司为被执行人独资或实际控制），要求返还转移资金。
  • 罚款/拘留：对被执行人处以罚款（最高10万元）或司法拘留（最长15日），构成拒不执行判决、裁定罪的，可移送公安机关立案。
  • 财产追回：直接划拨公司账户中属于被执行人的资金至执行账户。

2. 若资金属于公司财产，被执行人无权处分

• 法律定性：若被执行人作为公司股东或高管，未经法定程序将公司资金转至个人账户，可能涉嫌“职务侵占”或“挪用资金”。
• 处理方式：
  • 刑事报案：公司可向公安机关报案，追究被执行人刑事责任（职务侵占罪最高可处15年有期徒刑，挪用资金罪最高可处7年有期徒刑）。
  • 民事追偿：公司可通过民事诉讼要求被执行人返还资金，并主张赔偿损失。
  • 执行中止：若公司提出异议，法院需审查资金归属，可能中止对该部分资金的执行。

3. 若资金为合法收入（如工资、分红），但未申报

• 法律定性：被执行人需向法院申报财产，若未申报或虚假申报，法院可依据《民事诉讼法》第241条对其处罚。
• 处理方式：
  • 补缴执行款：要求被执行人将未申报的收入用于履行债务。
  • 信用惩戒：将被执行人纳入失信被执行人名单，限制高消费、出境等。

4. 若公司为被执行人关联方，存在利益输送

• 法律定性：若公司与被执行人存在人格混同（如财产混同、业务混同），法院可依据《公司法》第20条“法人人格否认”制度，直接执行公司财产。
• 处理方式：
  • 审计调查：法院可委托审计机构核查公司与被执行人的财务往来，确认是否存在利益输送。
  • 连带执行：裁定公司对被执行人债务承担连带责任，直接执行公司账户资金。

行动建议：

1. 立即联系执行法官：提供银行流水等证据，申请对涉案资金采取控制措施（如冻结、划拨）。
2. 核查资金性质：通过审计或调查，明确资金归属（个人/公司）及用途（合法/非法）。
3. 追究法律责任：根据资金性质，选择民事追偿、刑事报案或执行追加等途径维护权益。

若有进一步细节（如资金金额、公司类型、被执行人身份等），可向我补充说明，我将为您定制更精准的处理方案。