法院在收到双方提交的银行流水后，会将其作为证据进行审查，并根据案件具体情况决定是否采纳及如何运用这些证据来查明事实、作出裁判。具体处理方式如下：

1. 证据审查与质证：

   • 法院首先会对双方提交的银行流水进行形式审查，确认其是否符合证据的基本要求，如真实性、合法性、关联性。
   • 在庭审过程中，双方当事人有权对对方提交的银行流水进行质证，提出异议或反驳意见。法院会听取双方的质证意见，并记录在案。

2. 证据采纳与认定：

   • 经过审查与质证后，法院会根据证据规则和案件具体情况，决定是否采纳双方提交的银行流水作为认定案件事实的依据。
   • 如果银行流水能够直接证明案件中的关键事实，如资金往来、交易记录等，且双方无异议或异议不成立，法院通常会予以采纳。
   • 如果银行流水存在瑕疵或争议，法院可能会要求提交方补充证据或进行进一步说明，或者结合其他证据进行综合判断。

3. 运用证据查明事实：

   • 采纳的银行流水将作为法院查明案件事实的重要依据。法院会结合其他证据，如合同、协议、证人证言等，对银行流水所反映的资金往来情况进行全面分析。
   • 通过审查银行流水，法院可以了解双方的经济往来情况，判断是否存在违约、欺诈等行为，从而为作出公正裁判提供有力支持。

4. 作出裁判与执行：

   • 在查明案件事实的基础上，法院会根据法律规定和案件具体情况，作出相应的裁判结果。
   • 如果裁判结果涉及金钱给付义务，如赔偿、退款等，法院可能会根据银行流水等证据确定具体的给付金额和方式。
   • 在执行阶段，法院也会依据银行流水等证据来监督执行过程，确保裁判结果得到有效履行。

温馨提示：在提交银行流水作为证据时，请确保其真实、完整、合法，并按照法院的要求进行整理和提交。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。