在提交法院的银行流水中若涉及他人隐私，应当采取以下措施进行处理：

1. 申请法院保密处理
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，当事人提交的证据材料中涉及他人隐私的，可向法院申请对相关部分进行保密处理。例如，在提交流水时，可单独标注涉及他人隐私的交易记录，并附书面说明，请求法院仅在必要范围内审查或限制复制、传播。法院通常会根据案件需要平衡隐私保护与审理需求，对非必要信息采取遮蔽、封存等措施。

2. 主动遮蔽敏感信息
   若流水中的隐私信息与案件无关（如他人账户、交易备注等），可在提交前自行遮蔽或删除。例如，用黑色记号笔覆盖他人姓名、账号等部分，仅保留与案件直接相关的交易时间、金额、对方账户尾号等信息。但需注意：遮蔽行为需确保不破坏证据的完整性和真实性，否则可能因证据瑕疵被法院不予采信。

3. 提交书面说明与法律依据
   在提交流水时，应同步提交书面说明，明确指出哪些部分涉及他人隐私、为何需要保护（如涉及第三方商业秘密、个人财务信息等），并引用《民法典》第1032条（隐私权保护）、《民事诉讼法》第68条（证据保密义务）等条款，增强申请的合理性。

4. 与法院沟通替代方案
   若流水中隐私信息与案件关联性较强（如需证明资金流向），可与法院协商是否允许以其他方式替代完整流水。例如：

   • 提交加盖银行公章的《交易明细摘要》，由银行筛选并出具仅包含必要信息的版本；
     
   • 申请法院向银行直接调取证据，避免由当事人直接提交原始材料；
     
   • 在庭审中通过质证环节，由法官主持下针对性展示相关部分，减少隐私泄露风险。

风险提示：
若未经处理直接提交涉及他人隐私的流水，可能面临以下法律风险：

• 侵犯他人隐私权，需承担《民法典》第179条规定的停止侵害、赔礼道歉、赔偿损失等民事责任；
  
• 若隐私信息被泄露导致他人损失，可能因过错被追责；
  
• 法院可能以“证据形式不合法”为由拒绝采纳流水，影响案件审理。

建议：
在提交前务必对流水进行审查，区分“必要信息”与“隐私信息”。若对处理方式存疑，可提前与法院立案庭或承办法官沟通，明确提交要求。如有复杂情况（如流水涉及多人、多笔敏感交易），建议携带材料面询，以便针对性制定方案。