公司内部员工跟外部商家合作是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：
如果合作行为符合公司规章制度和法律法规：
- 员工在业余时间，以个人名义与外部商家进行合作，且该合作行为没有利用公司的资源、信息或职务之便，也没有违反公司的规章制度或相关法律法规，那么这种合作行为通常是合法的。例如，员工在周末或休假期间，利用自己的专业技能为外部商家提供咨询服务，且没有泄露公司机密或损害公司利益。
如果合作行为违反公司规章制度：
- 如果公司有明确的规章制度禁止员工与外部商家进行特定类型的合作，或者要求员工在进行此类合作前需获得公司的批准，而员工未遵守这些规定，那么这种合作行为可能构成违规。例如，公司规定员工不得私自与公司竞争对手或供应商进行合作，而员工却违反了这一规定。
如果合作行为涉及职务侵占、商业贿赂等违法行为：
- 如果员工利用职务之便，通过与外部商家的合作来侵占公司财产、收受商业贿赂或进行其他违法行为，那么这种合作行为不仅违法，还可能构成犯罪。例如，员工利用采购职务之便，与供应商勾结，通过抬高采购价格来获取回扣。
法律建议：
对于员工而言：
- 在进行与外部商家的合作前，应仔细阅读公司的规章制度，确保自己的合作行为符合公司规定。
- 如果合作行为可能涉及公司资源、信息或职务之便，应事先获得公司的批准或同意。
- 避免利用职务之便进行违法或违规行为，以免承担法律责任。
对于公司而言：
- 应制定明确的规章制度，规范员工与外部商家的合作行为。
- 加强对员工的教育和培训，提高员工的法律意识和合规意识。
- 建立健全的监督机制，及时发现和纠正员工的违规行为。
可能的法律后果：
- 如果员工的合作行为被认定为违规或违法，可能会面临公司的纪律处分，如警告、罚款、解雇等。
- 如果合作行为涉及职务侵占、商业贿赂等犯罪行为，员工还可能面临刑事指控和刑罚。
- 对于公司而言，如果未能有效监管员工的合作行为，导致公司利益受损，公司也可能需要承担相应的法律责任。
总结：公司内部员工与外部商家的合作行为是否违法，取决于多种因素，包括合作行为是否符合公司规章制度、是否涉及职务之便、是否违反法律法规等。因此，在进行此类合作前，员工应谨慎评估风险，并遵守相关法律法规和公司规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。