结论前置：要证明公司恶意更换主体断工龄且您已签了个人离职协议，关键在于收集并整理相关证据，以证明公司的行为存在恶意，且您签署离职协议并非出于自愿或真实意思表示。以下是从不同角度为您详细分析：
一、证明公司恶意更换主体断工龄
收集工作记录：
- 保留您在公司的工作证、考勤记录、工资单、社保缴纳记录等，这些都能证明您与公司之间存在劳动关系，以及您的工作年限。
- 如果可能，获取公司内部的员工名册、组织架构图等，以证明您在公司中的职位和连续的工作经历。
证明主体更换的恶意性：
- 调查公司更换主体的原因和过程，如果更换主体是为了规避法律责任（如逃避支付经济补偿金、社保费用等），则可能构成恶意。
- 收集公司更换主体前后的相关公告、通知、会议纪要等文件，分析公司更换主体的真实意图。
- 如果公司更换主体后，您的工作内容、工作地点、工资待遇等均未发生实质性变化，而公司却试图通过更换主体来断工龄，这更可能是恶意的表现。
证人证言：
- 寻找同事、前同事或了解情况的第三方作为证人，他们可能能提供关于公司更换主体、断工龄以及您签署离职协议情况的证言。
二、证明签署离职协议非出于自愿或真实意思表示
协议签署过程：
- 回忆并记录离职协议签署的具体过程，包括时间、地点、参与人员、协议内容等。
- 如果签署协议时存在胁迫、欺诈、误导等情形，如公司以不签署协议就不发放工资、不办理离职手续等相威胁，或者故意隐瞒重要信息、提供虚假信息等，这些都可能影响协议的效力。
协议内容分析：
- 仔细审查离职协议的内容，特别是关于工龄计算、经济补偿金、社保缴纳等关键条款。
- 如果协议内容明显不公平、不合理，或者与您在公司的工作年限、工资待遇等实际情况不符，这可能表明协议并非出于您的真实意思表示。
寻求专业鉴定：
- 如果对协议的签署过程或内容存在争议，可以考虑寻求专业机构或专家的鉴定，如笔迹鉴定、心理评估等，以证明您签署协议时的心理状态或协议的真实性。
三、法律建议
及时咨询律师：
- 在收集到相关证据后，建议及时咨询专业律师，以便对证据进行整理和分析，评估案件的胜诉可能性，并制定合适的诉讼策略。
提起劳动仲裁或诉讼：
- 如果认为公司的行为侵犯了您的合法权益，可以向劳动仲裁机构提起劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，要求公司承担相应的法律责任。
注意时效问题：
- 劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，在发现公司存在恶意行为后，应及时采取行动，以免错过时效。
最后，要证明公司恶意更换主体断工龄且您已签了个人离职协议，需要收集并整理相关证据，从多个角度进行分析和论证。如果您在此过程中遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。