结论前置：针对您提出的“法院二审判决存在劳动关系，但公司借别人名义不认工伤”的情况，您可以通过以下途径来维护自己的合法权益。
一、明确工伤认定的前提——劳动关系
首先，法院二审已经判决存在劳动关系，这是工伤认定的关键前提。根据《工伤保险条例》的相关规定，职工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的，应当认定为工伤。既然法院已经确认了您与公司之间的劳动关系，那么您就有权依据这一事实去申请工伤认定。
二、公司借别人名义不认工伤的处理方式
坚持申请工伤认定：
- 尽管公司可能试图通过借别人名义来否认工伤，但您应坚持向当地的社会保险行政部门（通常是人力资源和社会保障局）提交工伤认定申请。
- 在申请时，提供法院二审的判决书作为证明劳动关系的证据，以及其他与工伤相关的证据，如医疗证明、事故现场照片等。
应对公司的抗辩：
- 如果公司提出抗辩，声称您并非其员工或工伤并非发生在工作过程中，您可以依据法院的判决书进行反驳。
- 强调法院已经确认了劳动关系，且工伤事实清楚，公司应承担相应的工伤保险责任。
寻求法律援助或诉讼：
- 如果社会保险行政部门在受理工伤认定申请后，公司仍然不配合或提出无理抗辩，您可以考虑寻求法律援助或提起诉讼。
- 在诉讼过程中，您可以要求法院确认工伤事实，并判决公司承担相应的工伤保险赔偿责任。
三、可能的法律后果
如果公司被认定应承担工伤保险责任：
- 公司将需要支付您的医疗费用、停工留薪期间的工资福利、以及可能的伤残补助金等。
- 如果公司未依法缴纳工伤保险费，那么这些费用将全部由公司承担。
如果公司拒绝履行判决：
- 您可以向法院申请强制执行，法院将依法采取强制措施，如查封、扣押、拍卖公司的财产等，以保障您的合法权益得到实现。
四、建议与提醒
- 保留证据：在整个过程中，务必保留好所有与工伤相关的证据，包括医疗记录、事故现场照片、法院判决书等。
- 及时行动：工伤认定和赔偿有一定的时效限制，因此建议您尽快采取行动，以免错过申请或诉讼的时机。
- 咨询专业律师：虽然我已经为您提供了一些基本的法律建议，但每个案件的具体情况都有所不同。如果您在处理过程中遇到任何疑问或困难，可以随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律指导。
希望以上建议能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。