当公司承认存在事实劳动关系，但在工伤认定过程中又不承认时，你可以通过以下步骤来维护自己的合法权益：
一、明确结论
你可以通过收集充分证据、申请劳动仲裁或行政认定、进行工伤认定及后续维权等步骤，来确认劳动关系并获得应有的工伤赔偿。
二、详细步骤与分析
收集并保存证据
- 劳动合同：如果与公司签订了书面劳动合同，这是最直接证明劳动关系的文件，务必妥善保管。
- 工资支付记录：包括银行转账记录、工资条等，这些能显示用人单位的支付情况，是证明劳动关系的重要证据。
- 工作证件与考勤记录：工作证、服务证、打卡记录、签到表等，能证明你的员工身份和出勤情况。
- 业务相关材料与间接证据：如你代表公司签订的合同、工作成果、工作服、工作群聊天记录等，以及同事的证言，均可作为辅助证据。
尝试与公司沟通
在收集证据的同时，你可以尝试与公司进行沟通，解释工伤情况并寻求合理赔偿。友好协商有时能达成共识，避免进一步的法律纠纷。
申请劳动仲裁或行政认定
- 劳动仲裁：如果沟通无果，你可以向当地劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，详细陈述事实并提供证据。仲裁委员会将进行审理，并作出裁决，该裁决可作为后续工伤认定的依据。
- 行政认定：你也可以向劳动行政部门投诉，请求其调查核实并出具劳动关系认定的决定。
进行工伤认定
- 准备材料：在确认劳动关系后，你需要准备工伤认定申请表、劳动关系证明材料（如仲裁裁决书或行政认定决定）、医疗机构出具的诊断证明书等。
- 提出申请：用人单位应在事故伤害发生或被诊断为职业病之日起30日内提出工伤认定申请。若用人单位未申请，你或你的近亲属、工会组织可在1年内直接向社会保险行政部门提出申请。
- 配合调查：社会保险行政部门受理申请后，会进行调查核实，你需要配合提供情况和证明材料。
- 领取决定：社会保险行政部门将在60日内作出工伤认定决定，并出具相关决定书。
注意举证责任
在工伤认定过程中，如果公司否认工伤，根据《工伤保险条例》第十九条，由公司承担举证责任。你只需提供初步证据证明工伤可能性，而公司需提供充分证据反驳。
后续维权
- 如果劳动仲裁、行政认定或工伤认定结果不利于你，你可以通过诉讼途径进一步维护自己的权益。在诉讼过程中，要充分准备证据，阐述主张，并请求法院作出公正判决。
三、总结与建议
面对公司不承认劳动关系的情况，你应保持冷静，积极收集证据，并通过合法途径来维护自己的权益。在整个过程中，你可以直接向我咨询以获取更具体的法律建议和支持，确保自己的权益得到充分保障。记住，合理利用法律手段是维护自己合法权益的有效途径。