结论：公司制度规定迟到10分钟扣款10元是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 从规章制度合法性角度

根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或决定有关劳动报酬、工作时间等直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定。若公司制度未经上述民主程序制定，即使内容本身不违法，也可能因程序瑕疵而被认定为无效。

关键点：若公司制度未经民主程序制定，扣款规定可能无效；若已履行程序，则需进一步审查内容合法性。

2. 从扣款合法性角度

根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。若公司制度规定的扣款金额未超过上述限制，且符合以下条件，则可能合法：

• 扣款与劳动者迟到行为存在直接因果关系（如因迟到导致公司损失）；
• 扣款金额合理，未超出实际损失范围；
• 扣款后劳动者工资不低于最低工资标准。

关键点：若扣款金额过高（如每月扣款超过工资20%），或扣款后工资低于最低标准，则可能违法。

3. 从地方性法规角度

部分地区对迟到扣款有更严格的规定。例如，某些地方性法规明确禁止用人单位以迟到为由扣减工资，或规定扣款上限（如单次扣款不得超过日工资的20%）。若公司制度违反地方性法规，则可能被认定为无效。

关键点：需结合公司所在地的地方性法规判断扣款规定是否合法。

4. 从劳动合同约定角度

若劳动合同中明确约定了迟到扣款的具体标准（如“迟到10分钟扣款10元”），且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，则可能被认定为有效。但需注意，劳动合同约定不得排除劳动者法定权利（如最低工资保障）。

关键点：劳动合同约定需合法合理，且不得损害劳动者基本权益。

建议

1. 核查公司制度制定程序：确认是否经过民主协商程序；
2. 核对扣款金额合理性：计算扣款后工资是否低于最低标准；
3. 查阅地方性法规：确认公司所在地是否有特殊规定；
4. 审查劳动合同：确认是否有相关约定及约定是否合法。

若公司制度存在程序瑕疵、扣款金额违法或违反地方性法规，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司返还违法扣款。如有进一步疑问，可直接向我咨询。