结论前置：公司制度中关于迟到扣款的规定是否合法，需根据具体情况判断，关键在于公司规章制度的制定和执行是否符合法律规定，以及扣款措施是否合理。
合法情况分析
规章制度明确且合法
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 解析：如果公司通过民主程序制定了关于迟到扣款的规章制度，内容合法合理，且已向员工公示或告知，那么公司依据该规章制度对迟到员工进行合理扣款，是行使用工自主权的体现，不违反法律。
经济损失赔偿
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》相关规定，若因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按劳动合同约定要求劳动者赔偿。但扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 解析：如果员工迟到行为直接给公司造成了经济损失，且双方劳动合同中有相关赔偿约定，那么公司可以要求员工进行赔偿，但赔偿金额应合理，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
不合法情况分析
缺乏规章制度或未公示
- 法律依据：同样依据《中华人民共和国劳动合同法》第四条。
- 解析：如果公司未依法制定关于迟到扣款的规章制度，或者制定了但未进行公开公示并告知员工，那么对迟到员工的扣款行为可能不合法。
扣罚金额不合理
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 解析：如果扣罚金额过高，导致劳动者工资明显不合理减少，甚至低于当地最低工资标准，或者扣除比例显失公平，那么公司的扣款行为可能违反法律。
特殊情况下的迟到
- 解析：如果员工因不可抗力等合理原因导致迟到，公司仍扣工资则不合理，应考虑实际情况予以豁免或减轻处罚。
其他注意事项
- 劳动者权益保护：劳动者认为用人单位的迟到扣工资规定不合理或存在违法情况时，可通过协商、申请调解、仲裁或提起诉讼等方式维护自己的合法权益。
- 法律法规的适用：处理迟到扣工资等劳动争议时，除《中华人民共和国劳动法》外，还需参考《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》等相关法律法规，以确保争议得到妥善解决。
总结：公司制度中关于迟到扣款的规定是否合法，需综合考虑规章制度的制定和执行是否符合法律规定、扣款措施是否合理等因素。用人单位在制定和执行相关规章制度时，应确保内容合法、合理，并已进行公开公示告知员工，以维护劳动者的合法权益和企业的正常管理秩序。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。