关于外卖站点辞职时按照3元一单来结算是否合法的问题，这实际上涉及到了劳动报酬的支付以及可能的赔偿问题，我们需要从多个法律角度来分析。
首先，我们要明确的是，劳动者的工资是其付出劳动后依法享有的劳动报酬，用人单位必须按照劳动合同的约定和国家规定，及时足额支付。这是《劳动合同法》第三十条的明确规定。因此，任何无故克扣或拖欠工资的行为都是违法的。
接下来，我们考虑外卖站点提出的“按照3元一单结算”可能涉及的几种情况：
如果这是双方劳动合同中的明确约定：
- 那么，在劳动者正常完成工作的情况下，站点应当按照这一约定支付工资。
- 但如果劳动者提出辞职，且没有违反劳动合同或公司规章制度导致需要赔偿的情况，站点无权单方面改变结算方式或克扣工资。
如果这是站点在劳动者辞职时单方面提出的：
- 这种做法很可能构成违法克扣工资。因为如前所述，工资是劳动者的合法报酬，不能随意被剥夺或改变支付方式。
- 除非劳动者确实存在违反劳动合同或公司规章制度的行为，且给站点造成了实际损失，站点才能按照法律规定要求赔偿，但赔偿金额和方式也需符合法律限制，如每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
关于“按单计酬”的特殊性：
- 即使外卖骑手的工资是按单计酬的，这也不意味着站点可以在劳动者辞职时随意改变单价或结算方式。
- 单价和结算方式应当在劳动合同中明确约定，并受到法律保护。
综合建议：
- 对于劳动者来说，如果遇到站点在辞职时提出按照不合理的单价结算工资的情况，应当首先与站点进行沟通协商，要求站点按照劳动合同的约定支付工资。
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉举报，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 同时，劳动者也应当保留好相关证据，如劳动合同、工资条、银行流水等，以便在维权时提供有力支持。
总之，外卖站点在劳动者辞职时按照3元一单来结算工资是否合法，取决于这一做法是否符合劳动合同的约定以及相关法律法规的规定。在大多数情况下，如果这一做法没有法律依据或合同依据，那么它很可能是违法的。