结论：外卖站点在员工辞职时按照3元一单结算工资并额外扣除500元违约金的行为，是否合法需分情况讨论，具体取决于劳动合同或相关协议的约定以及这些约定是否符合法律规定。

分析：

1. 关于工资结算：

   • 合法情况：如果外卖站点与员工在劳动合同中明确约定了工资计算方式为按单结算，且每单3元的标准不违反当地最低工资标准，那么按照3元一单结算工资是合法的。
   • 违法情况：如果劳动合同中没有明确约定工资计算方式，或者约定的计算方式低于当地最低工资标准，那么外卖站点单方面按照3元一单结算工资可能构成违法。

2. 关于违约金扣除：

   • 合法情况：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定违约金，但违约金的约定必须符合法律规定的情形，如劳动者违反服务期约定或竞业限制约定等。如果外卖站点与员工在劳动合同中明确约定了辞职时需扣除500元违约金，且该约定符合法律规定的情形，那么扣除违约金可能是合法的。但需要注意的是，即使约定了违约金，其数额也不应过高，否则可能被法院或劳动仲裁机构调整。
   • 违法情况：如果劳动合同中没有明确约定违约金，或者约定的违约金不符合法律规定的情形，那么外卖站点在员工辞职时扣除500元违约金是违法的。此外，如果违约金数额过高，也可能被视为违法。

建议：

• 对于员工：

  • 首先，查看自己的劳动合同或相关协议，了解工资计算方式和违约金扣除的约定。
  • 如果认为外卖站点的行为违法，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

• 对于外卖站点：

  • 确保劳动合同或相关协议中明确约定了工资计算方式和违约金扣除的条款，且这些条款符合法律规定。
  • 在扣除违约金时，要确保违约金的数额合理，且符合法律规定的情形。
  • 如果与员工发生争议，建议通过协商、调解或法律途径解决，避免采取非法手段。

额外提醒：

• 劳动法律法规对劳动者的权益保护较为严格，用人单位在制定和执行相关政策时，务必确保符合法律规定，避免引发劳动争议。
• 如果双方对劳动合同或相关协议的条款存在争议，建议咨询专业律师或劳动仲裁机构，以获取准确的法律意见。

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