结论：劳务协议与离职申请一起签的做法通常是不合理且存在法律风险的，这种做法违背了劳动合同订立的基本原则，可能损害劳动者的权益，并引发后续的劳动纠纷。以下从多个角度进行详细分析：

一、违背劳动合同订立原则

根据《中华人民共和国劳动合同法》，劳动合同的订立应遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。劳务协议作为确立劳动关系的基础协议，应在建立劳动关系时签订，并明确双方的权利和义务。而离职申请则是在劳动关系即将或已经解除时，由劳动者或用人单位提出的解除劳动关系的意愿。将两者一起签，往往使劳动者在非自愿状态下做出决定，违背了平等自愿和协商一致的原则。

二、损害劳动者权益

1. 经济补偿问题：提前签订离职申请可能使劳动者在未知未来具体情况下，被迫接受不利的离职条件，如过低的经济补偿。根据法律规定，劳动者在解除劳动合同时，有权获得相应的经济补偿，但提前签订离职申请可能剥夺了劳动者的这一权利。
2. 工作交接与离职手续：离职申请通常涉及工作交接、离职手续等后续事宜。在劳务协议与离职申请一起签的情况下，劳动者可能因未充分了解离职流程而面临工作交接不清、离职手续不全等问题，进而影响其未来的职业发展。

三、存在不确定性与法律风险

1. 未来情况的不确定性：入职时对未来离职情况进行约定存在极大不确定性。随着工作环境和个人情况的变化，原定的离职条款可能已不再适用。这种不确定性可能导致双方在后续执行过程中产生争议。
2. 法律混淆与风险：劳务协议与离职申请在法律性质、签订时机和目的上均有本质区别。一起签订可能导致法律上的混淆和风险，影响劳动合同核心条款的清晰约定和执行。例如，离职申请中的某些条款可能与劳务协议中的条款相冲突，导致双方在履行过程中产生纠纷。

四、实践操作中的负面影响

1. 影响员工稳定性和归属感：要求新入职员工同时签订劳务协议和离职申请会使其感到不安和缺乏信任。这种做法可能让劳动者觉得用人单位对其缺乏诚意和尊重，进而影响其工作积极性和稳定性。
2. 易引发劳动纠纷：如用人单位利用提前签订的离职申请随意解除劳动关系，劳动者很可能通过劳动仲裁或诉讼来维护自身权益。这将给用人单位带来不必要的时间、精力和经济成本损失，同时也会影响其企业形象和声誉。

五、建议与指导

1. 分开签订：劳务协议应基于实际情况在入职时签订，确保其条款符合法律法规和公平原则。而离职申请则应在劳动关系实际解除或即将解除时，根据具体情况进行协商和签订。
2. 谨慎对待协议内容：无论是劳务协议还是离职申请，劳动者在签订前都应仔细阅读条款内容，确保自己的权益得到充分保障。如遇不合理或不合法的条款，劳动者有权拒绝签订并寻求法律援助。

总结与启示：劳务协议与离职申请一起签的做法存在诸多不合理之处和法律风险。作为劳动者，在签订任何协议时都应保持警惕，确保自己的权益不受损害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。