工资结算的依据通常是实际工作的最后一天，而非离职申请时间，但具体需结合劳动合同、公司规章制度及实际工作情况综合判断。以下是详细分析：

1. 离职申请时间与工资结算的关系
   离职申请时间仅代表员工向公司提出解除劳动关系的意愿，但劳动关系实际解除的时间需以双方确认或法定程序为准。例如，若员工提交离职申请后，公司未立即批准，或双方约定了离职交接期，则工资结算应截至实际工作的最后一天，而非申请日。

2. 最后打卡时间的重要性
   最后打卡时间通常能直接反映员工实际工作的截止日。若公司以打卡记录作为考勤依据，且劳动合同或规章制度中明确规定“工资结算至最后出勤日”，则最后打卡时间将成为关键证据。但需注意：

   • 若最后打卡日后员工仍需完成交接工作（如移交文件、培训接替者等），且公司能证明其参与了必要交接，则工资可能结算至交接完成日；
     
   • 若员工未按规定打卡（如提前离岗），但公司未及时提出异议，可能被视为默认接受其实际工作截止日。

3. 劳动合同与规章制度的优先性
   若劳动合同或公司规章制度中明确约定“工资结算以离职申请日为准”，且该条款不违反法律强制性规定（如未克扣法定工资），则可能优先适用。但实践中，此类条款易引发争议，法院或仲裁机构可能结合实际工作情况调整，例如：

   • 若员工在申请离职后仍持续提供劳动（如完成紧急任务），公司需支付相应工资；
     
   • 若公司以“离职申请日”为由拒绝支付实际工作期间的工资，可能被认定为违法克扣。

4. 特殊情况处理

   • 协商一致解除：若双方通过协商确定离职日（可能早于或晚于申请日），工资结算以协商日期为准；
     
   • 公司违法解除：若公司单方面提前终止劳动关系（如未支付经济补偿），员工可主张工资结算至法定或实际工作截止日；
     
   • 员工旷工：若员工在申请离职后擅自离岗，公司可按规章制度扣减工资，但需保留证据（如旷工通知、考勤记录）。

建议：

• 员工：保留最后出勤的证据（如打卡记录、工作邮件、交接单），若公司未按实际工作截止日结算工资，可申请劳动仲裁；
  
• 公司：完善离职流程，明确工资结算规则（如“工资结算至最后出勤日或交接完成日，以较晚者为准”），并要求员工签字确认。
  

如有具体案例或合同条款需要分析，可进一步向我咨询。