迟到二分钟是否要扣全勤，主要取决于用人单位与劳动者之间的约定以及规章制度的合理性。以下是对此问题的详细分析：

1. 有明确约定的情况：

   • 如果劳动合同、员工手册或规章制度中明确规定了迟到即扣除全勤奖，并且这一规定已经过法定的民主程序制定和公示（例如，经过职工代表大会讨论、与工会或职工代表平等协商确定等），那么用人单位有权按照这一规定执行，扣除迟到员工的全勤奖。

2. 无明确约定或约定不合理的情况：

   • 如果劳动合同、员工手册或规章制度中没有明确规定迟到即扣除全勤奖，或者规定模糊不清，那么用人单位以迟到为由扣除全勤奖就缺乏依据。在这种情况下，员工有权要求支付全勤奖。
   • 另外，即使规章制度中有相关规定，但如果该规定明显不合理，例如将轻微迟到（如迟到二分钟）即视为严重违规并扣除全勤奖，这样的规定可能会被认定为无效。因为用人单位制定的规章制度必须合理合法，不能侵犯劳动者的合法权益。

3. 实际操作中的考虑：

   • 在实际操作中，用人单位应考虑迟到的具体情形。对于偶尔迟到且有合理原因（如突发交通意外、身体不适等）的员工，用人单位可以酌情考虑不扣除全勤奖，以体现人性化管理。
   • 对于经常迟到且无正当理由的员工，用人单位扣除全勤奖则是合理的。这既是对遵守纪律员工的公平对待，也是维护正常工作秩序的必要措施。

4. 公司规章制度的制定：

   • 公司在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。规章制度的内容不得违反国家法律法规的规定，且应经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定。

总结与建议：

• 作为员工，应仔细阅读劳动合同和公司的规章制度，了解其中关于迟到和全勤奖的规定。如果认为公司的规定不合理或侵犯了自己的合法权益，可以与用人单位进行沟通协商，或者向劳动监察部门投诉。
• 作为用人单位，在制定规章制度时应确保其内容的合法性和合理性，并在执行过程中遵循人性化管理的原则。这样既能维护公司的正常工作秩序，又能增强员工的归属感和满意度。

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