结论：公司要求员工补回已发放6年的交通补贴是否合理，需分情况讨论，主要取决于补贴性质、公司规章制度及双方约定，具体分析如下：

1. 若交通补贴属于工资组成部分（如固定发放、与岗位相关）
   根据《国家统计局关于工资总额组成的规定》第四条，工资总额包括津贴和补贴。若交通补贴是公司以货币形式按月固定发放，且与员工岗位、出勤直接相关（如销售岗因外出产生的交通成本补偿），则属于工资范畴。

   • 公司无权要求返还：工资是员工劳动报酬的合法组成部分，公司已发放的工资不得随意追回，除非存在重大误解（如财务错误多发）或员工存在欺诈、违反公司制度等过错。
     
   • 例外情形：若公司能证明补贴发放是基于特定条件（如“需提供发票报销”），而员工未履行条件（如未提交发票），公司可能要求返还，但需承担举证责任。

2. 若交通补贴属于福利性质（如非固定、需申请或考核）
   若补贴是公司额外提供的福利（如节日补贴、项目奖励等），且双方未明确约定为“预支”或“需返还”，则公司一般无权要求返还。

   • 需审查公司制度：若公司规章制度或劳动合同中明确约定“补贴发放后，员工需满足特定条件（如在职满一定期限）”，且员工未满足条件，公司可能依据内部规定要求返还。但此类条款需符合《劳动合同法》第四条的民主程序（如经职工代表大会讨论、公示），否则可能被认定为无效。

3. 若公司以“财务调整”“政策变化”等理由要求返还

   • 单方变更无效：公司无权单方变更已履行的劳动报酬或福利条款，除非与员工协商一致。若公司以“经营困难”等理由要求返还，员工可拒绝并要求公司继续履行原约定。
     
   • 诉讼风险：若公司强行扣款，员工可依据《劳动合同法》第三十八条主张“未及时足额支付劳动报酬”，要求解除合同并索赔经济补偿。

建议行动：

• 员工：首先核查劳动合同、公司规章制度中关于交通补贴的约定；若公司无合法依据，可拒绝返还并保留工资条、补贴发放记录等证据；必要时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  
• 公司：若确需调整补贴政策，应通过民主程序修订制度，并与员工协商一致；避免单方扣款，否则可能面临法律风险。
  

如有进一步细节（如补贴发放方式、公司制度内容等），可向我补充说明，我会为您具体分析。