结论：公司让员工签自愿加班协议的合法性并非绝对，而是取决于多个因素，包括协议的签订过程、内容是否合法合规、是否体现了员工的真实意愿以及是否支付了相应的加班费等。以下是对此问题的详细分析：
一、自愿加班协议的合法性基础
自愿性原则：
- 加班必须是员工在充分理解并自愿的基础上签订的，不能存在任何形式的胁迫或误导。如果员工是被迫签订加班协议，那么该协议将因违反自愿性原则而无效。
合法性及合规性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位由于生产经营需要延长工作时间的，应与工会和劳动者协商，且一般每日不得超过一小时；特殊情况下每日不得超过三小时，每月不得超过三十六小时。自愿加班协议的内容必须符合这一法律规定，否则将因违反法律强制性规定而无效。
二、自愿加班协议可能无效的情形
违反法律强制性规定：
- 如果协议中约定的加班时间超过了法律规定的上限，如每日超过三小时或每月超过三十六小时，则该部分内容因违反法律的强制性规定而无效。
排除劳动者权利：
- 协议如果要求员工无条件接受加班安排，且未明确加班工资的计算方式和支付标准，这实际上排除了劳动者依法获得加班报酬的权利，因此该协议可能被认定为无效。
非自愿性：
- 如果员工并非真正自愿签订加班协议，而是出于就业压力、担心失去工作机会等原因被迫同意，这种情况下协议也可能因存在欺诈、胁迫等因素而被认定为无效。
三、自愿加班协议的合法实践建议
确保员工真实意愿：
- 公司在制定和执行自愿加班协议时，应确保员工是在充分理解协议内容并自愿的基础上签订的，避免任何形式的胁迫或误导。
遵守法律规定：
- 协议内容必须符合《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规的规定，特别是关于加班时间的限制和加班费的支付标准。
明确加班费支付：
- 如果加班时间超过了法定工作时间，公司应依法支付加班费。自愿加班协议本身并不等同于员工放弃加班费的权利，除非协议中有明确约定且不违反法律规定。
遵循合同订立原则：
- 自愿加班协议作为劳动合同的一部分或补充，应遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用等原则。如果协议内容显失公平或违背员工真实意愿，将可能影响其法律效力。
四、实践中的判定与争议解决
- 实践中对于自愿加班协议效力的判定，通常由劳动争议仲裁机构或法院根据具体案件情况进行综合评估。评估时会考虑协议的签订过程、内容是否合法合规、是否体现了员工的真实意愿以及是否支付了相应的加班费等因素。
- 如果双方对协议内容存在争议或纠纷，应及时寻求法律援助或向相关部门投诉举报以维护自己的合法权益。
总结：公司让员工签自愿加班协议的合法性取决于多个因素，包括协议的签订过程、内容是否合法合规、是否体现了员工的真实意愿以及是否支付了相应的加班费等。公司在制定和执行此类协议时，应严格遵守相关法律法规和合同订立原则，确保员工的合法权益得到充分保护。员工在签订前也应仔细阅读协议内容，了解自己的权利和义务。如有任何疑问或纠纷，可直接向我咨询。