结论前置：公司以工作交接为由拒绝支付拖欠三年的休息日加班费是不合法的，您有权通过法律途径追讨这笔加班费。
详细分析：
加班费的支付义务：
- 根据《劳动法》及相关规定，用人单位安排劳动者在休息日工作又不能安排补休的，应当支付不低于工资的百分之二百的工资报酬作为加班费。这是公司的法定义务，不得以任何理由免除。
工作交接与加班费支付的关系：
- 工作交接是离职过程中的一个环节，它并不构成公司拒绝支付加班费的合法理由。即使您需要完成工作交接，公司也不能因此免除其支付加班费的义务。
追讨加班费的途径：
- 协商：首先，您可以尝试与公司进行协商，明确表达您的诉求，即要求公司支付拖欠的加班费。在协商过程中，您可以提供相关的加班记录、工资条等证据来支持您的主张。
- 投诉：如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对公司的违法行为进行调查，并要求公司支付拖欠的加班费。
- 仲裁或诉讼：如果投诉也未能解决问题，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，您需要提供充分的证据来证明公司拖欠加班费的事实。
证据的收集与保存：
- 为了支持您的主张，您需要收集并保存好相关的证据，如加班记录、工资条、劳动合同等。这些证据将有助于证明您确实存在加班事实，以及公司未支付加班费的情况。
可能的法律后果：
- 如果公司被认定存在拖欠加班费的行为，除了需要支付拖欠的加班费外，还可能面临劳动监察部门的处罚，以及因未履行法定义务而可能产生的其他法律责任。
建议与行动：
- 及时行动：由于加班费拖欠的时间已经较长，建议您尽快采取行动，以免超过法律规定的诉讼时效期间。
- 专业咨询：在追讨加班费的过程中，如果您遇到任何法律问题或困惑，可以随时向我咨询。作为专业律师，我将为您提供专业的法律意见和帮助。
- 保持冷静与理性：在处理此类纠纷时，请保持冷静与理性，避免采取过激行为或言辞。通过合法途径维护自己的权益是最有效的方式。