结论：单位在工资收入远高于最低缴费基数的情况下，仍按最低基数代扣个人部分，这一行为一般是不合法的。下面我将从多个角度详细分析这一问题。

法律背景与规定

根据《中华人民共和国社会保险法》及相关规定，用人单位应当按照职工本人上年度月平均工资作为缴费基数，来缴纳社会保险费。这里的“职工本人上年度月平均工资”是计算缴费基数的基础，它反映了职工的实际收入水平。如果单位未按照这一规定执行，而是擅自以最低缴费基数来代扣个人部分，就违反了法律规定。

具体分析

1. 缴费基数与工资收入的关系：

   • 缴费基数应当与职工的实际工资收入相匹配。如果职工的工资收入远高于最低缴费基数，那么单位应当按照实际工资收入来计算缴费基数，而不是简单地采用最低缴费基数。

2. 单位的法律责任：

   • 单位如果未按照规定缴纳社会保险费，包括未按照实际工资收入计算缴费基数，可能会面临劳动保障行政部门的处罚，如责令限期缴纳、加收滞纳金等。
   • 在极端情况下，如果单位的行为构成恶意欠缴社会保险费，还可能面临更严重的法律后果，如被列入社会保险严重失信人名单等。

3. 职工的权益保护：

   • 职工有权要求单位按照实际工资收入来计算缴费基数，并缴纳相应的社会保险费。
   • 如果单位拒绝改正，职工可以向当地劳动保障行政部门投诉，或者通过法律途径来维护自己的合法权益。

实际案例与启示

在实际操作中，已经有一些单位因为未按照规定缴纳社会保险费而受到了处罚。例如，某单位因为长期以最低缴费基数为职工缴纳社会保险费，而被劳动保障行政部门查处，并责令补缴了欠缴的社会保险费及滞纳金。这一案例告诉我们，单位必须严格遵守法律规定，按照职工的实际工资收入来计算缴费基数，并缴纳相应的社会保险费。

建议与措施

1. 对于单位：

   • 单位应当加强内部管理，确保按照规定缴纳社会保险费。
   • 定期对缴费基数进行核查和调整，确保与职工的实际工资收入相匹配。

2. 对于职工：

   • 职工应当了解自己的权益和义务，关注单位是否按照规定缴纳社会保险费。
   • 如果发现单位存在违法行为，应当及时向当地劳动保障行政部门投诉或寻求法律帮助。

最后，单位在工资收入远高于最低缴费基数的情况下，仍按最低基数代扣个人部分是不合法的。单位应当严格遵守法律规定，按照职工的实际工资收入来计算缴费基数，并缴纳相应的社会保险费。职工也应当了解自己的权益和义务，积极维护自己的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。