协议中约定工伤保险自负的条款，在法院审理中一般会被认定为无效。以下从不同角度为你详细分析：

1. 从法律规定角度
   根据《工伤保险条例》第二条、第六十二条的强制性规定，用人单位必须依法为劳动者缴纳工伤保险费，这是法定义务，不得通过协议约定免除。即使双方在协议中约定“工伤保险自负”，该条款因违反法律强制性规定而无效，法院不会支持此类约定。

2. 从劳动者权益保护角度
   工伤保险制度的核心目的是分散用人单位的工伤风险，保障劳动者在因工受伤时能及时获得医疗救治和经济补偿。若允许用人单位通过协议免除工伤保险责任，将导致劳动者在工伤后无法享受法定待遇，严重损害劳动者合法权益，违背《劳动法》《劳动合同法》中保护劳动者权益的基本原则。

3. 从协议效力认定角度
   根据《民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。工伤保险自负条款直接违反《工伤保险条例》的强制性规定，属于无效条款。即使劳动者在协议上签字，该条款也不具备法律效力，用人单位仍需承担工伤保险责任。

4. 实务中的处理方式
   若用人单位未缴纳工伤保险，劳动者发生工伤后，法院会直接判决用人单位按照《工伤保险条例》规定的项目和标准支付工伤待遇（如医疗费、伤残补助金等）。即使协议中有“自负”条款，用人单位也不能以此为由拒绝赔偿。

建议：

• 对劳动者而言：若发现协议中有此类条款，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位补缴工伤保险。
  
• 对用人单位而言：应依法为劳动者缴纳工伤保险，避免因违法约定导致额外赔偿风险。
  

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