双方自主签订的协议，在符合一定条件下，在法院上是有效的。以下从不同角度为您详细分析：
一、协议有效的基本条件
双方具备相应的民事行为能力：这意味着签订协议的双方都应当是具有完全民事行为能力的自然人或者法人，能够理解协议的内容并承担相应的法律后果。例如，未成年人或者精神病人签订的协议，可能会因为其不具备完全民事行为能力而被认定无效。
意思表示真实：协议必须是双方真实意愿的表达，不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方通过欺诈、胁迫等手段使对方签订了协议，那么受欺诈或胁迫的一方有权请求撤销该协议。
内容不违反法律、行政法规的强制性规定及公序良俗：协议的内容必须合法合规，不能触碰法律的强制性红线，也不能违背社会的公序良俗。例如，协议内容涉及违法交易或者非法剥夺人身权利的，该协议将被认定无效。
二、协议形式的要求
除了上述内容上的要求外，协议的形式也需要符合法律规定。例如，某些特殊协议可能需要采用书面形式，并经过特定的程序才能生效。如果协议的形式不符合法律规定，那么该协议可能会被认定无效或者存在效力瑕疵。
三、协议无效或可撤销的情形
欺诈、胁迫：如果一方通过欺诈、胁迫等手段使对方签订了协议，那么受欺诈或胁迫的一方有权请求撤销该协议。
内容违法：如果协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么该协议将被认定无效。
主体不适格：如果签订协议的双方不具备相应的民事行为能力，或者协议的一方是虚构的、不存在的，那么该协议也将被认定无效。
四、协议在法院上的效力认定
在诉讼中，如果一方对协议的效力提出异议，主张存在欺诈、胁迫等情形，或者协议内容违法等，那么法院将会对协议的效力进行审查。如果法院认定协议存在无效或可撤销的情形，那么该协议将不会被法院采纳作为证据使用。相反，如果法院认定协议有效，那么该协议将作为重要证据，对案件的审理和判决产生重要影响。
五、建议与提醒
签订协议前仔细审查：在签订协议前，双方应当仔细审查协议的内容，确保协议的内容合法合规、真实意愿表达，并且形式符合法律规定。
保留相关证据：在签订协议后，双方应当保留好与协议相关的证据，如签订协议的过程记录、协议原件等，以备在诉讼中使用。
及时咨询专业律师：如果在签订协议或者履行协议过程中遇到法律问题，建议及时咨询专业律师，以获取专业的法律意见和帮助。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，约定甲向乙出售一辆汽车。如果这份合同是双方真实意愿的表达，内容合法合规，并且形式符合法律规定，那么在法院上，这份合同将被认定有效，并作为重要证据使用。相反，如果这份合同存在欺诈、胁迫等情形，或者内容违法等，那么在法院上，这份合同可能会被认定无效或者可撤销。
希望以上分析能够对您有所帮助。如果您在签订协议或者履行协议过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询。