结论：针对您描述的情况，即公司已将款项支付给另一公司，但另一公司未向员工发放工资，员工可以通过多种途径来维护自己的合法权益。以下是从不同角度给出的详细分析和建议。
一、法律关系分析
员工与公司之间的劳动关系：
- 员工与公司之间存在明确的劳动关系，公司有义务按照劳动合同的约定和国家法律法规的规定，及时足额支付员工工资。
公司与另一公司之间的经济关系：
- 公司与另一公司之间的经济往来，如款项支付等，是它们之间的商业行为。这一行为本身并不直接影响员工与公司之间的劳动关系，但可能间接影响工资的支付情况。
二、员工维权途径
与公司协商：
- 员工可以首先尝试与公司进行协商，了解工资未支付的具体原因，并要求公司尽快解决。如果公司表示款项已支付给另一公司，员工可以要求公司提供相关支付凭证，并进一步了解另一公司未支付工资的原因。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对公司的违法行为进行调查，并要求公司限期支付工资。在投诉时，员工需要提供相关证据，如劳动合同、工资条、银行转账记录等，以证明公司未支付工资的事实。
申请劳动仲裁：
- 如果劳动监察部门未能解决问题，员工还可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁委员会将依法对争议进行裁决，并要求公司支付拖欠的工资。在申请劳动仲裁时，员工同样需要提供相关证据来支持自己的主张。
提起诉讼：
- 如果劳动仲裁裁决后公司仍不履行支付义务，员工可以向人民法院提起诉讼。法院将依法审理案件，并作出判决要求公司支付工资及可能的赔偿金。
三、特殊情况处理
如果另一公司是代发工资方：
- 如果另一公司是受公司委托代发工资的，那么员工仍然有权直接向公司追讨工资。公司作为用人单位，不能因为将工资支付义务委托给另一公司而免除自己的支付责任。
如果涉及恶意拖欠或逃匿：
- 如果公司或另一公司存在恶意拖欠工资或逃匿等行为，员工可以向公安机关报案，要求追究相关责任人的刑事责任。同时，员工还可以通过上述民事途径来维护自己的合法权益。
四、建议与注意事项
保留证据：
- 员工在维权过程中，务必保留好相关证据，如劳动合同、工资条、银行转账记录、沟通记录等。这些证据将有助于证明公司未支付工资的事实，并支持员工的主张。
及时行动：
- 员工在发现工资未支付后，应及时采取行动，避免超过法定的维权时效。一般来说，劳动争议的仲裁时效为一年，从知道或应当知道权利被侵害之日起计算。
寻求专业帮助：
- 如果员工在维权过程中遇到困难或不确定如何操作，可以寻求专业律师的帮助。律师将能够提供专业的法律意见和指导，帮助员工更好地维护自己的合法权益。
最后，希望以上分析能够对您有所帮助。如果您在维权过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。