结论：员工在上班路上发生交通事故，当时未发起工伤申请，过了40天后询问工伤申请，这种情况仍然有可能申请工伤认定，但需注意时效问题，并尽快采取行动。
详细分析：
工伤认定的基本条件：
- 根据《工伤保险条例》的相关规定，员工在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的，应当认定为工伤。
- 这意味着，如果员工在上班路上发生交通事故，且非本人主要责任，那么该员工有权申请工伤认定。
工伤申请的时效问题：
- 一般来说，工伤认定申请有一定的时效限制。根据《工伤保险条例》第十七条，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 如果用人单位未在规定时限内提交工伤认定申请，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 在您描述的情况下，虽然已经过了40天，但并未超过1年的时效限制，因此仍然有可能申请工伤认定。
申请工伤认定的流程：
- 员工或其近亲属应尽快向用人单位所在地的社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 申请时，需要提交工伤认定申请表、与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料、医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）等材料。
- 社会保险行政部门在收到申请后，会进行审查，并在一定期限内作出是否认定为工伤的决定。
可能面临的挑战与建议：
- 由于已经过了用人单位应提交工伤认定申请的30日期限，员工可能需要自行承担更多的举证责任，以证明事故的发生和伤害情况。
- 因此，建议员工尽快收集相关证据，如交通事故认定书、医疗记录等，以支持其工伤认定申请。
- 同时，员工也可以咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。
后续行动建议：
- 尽快向用人单位所在地的社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 收集并整理相关证据，以支持工伤认定申请。
- 如有需要，咨询专业律师以获取法律帮助。
如果您在工伤认定或赔偿方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。