结论：公司招聘司机时要求签订协议并交纳车辆保证金的行为，在大多数情况下是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
法律背景
根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条的规定：“用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。”这一条款明确禁止了用人单位在招聘过程中向劳动者收取任何形式的财物，包括保证金、押金等。
具体分析
保证金性质：
- 车辆保证金通常被视为一种担保形式，旨在确保司机在履行职责过程中不会造成车辆损失或违反公司规定。然而，根据劳动合同法的规定，这种担保形式是不被允许的。
合法性判断：
- 既然劳动合同法明确禁止了用人单位向劳动者收取财物，那么公司要求司机交纳车辆保证金的行为就违反了这一规定，因此是不合法的。
可能的法律后果：
- 如果公司坚持要求司机交纳车辆保证金，司机有权向劳动监察部门投诉，劳动监察部门将对公司进行查处，并可能对公司处以罚款等行政处罚。
- 同时，司机也有权选择不交纳保证金并拒绝签订相关协议，或者选择解除与公司的劳动关系并要求公司退还已交纳的保证金（如果已交纳）。
建议
对于司机：
- 在签订任何协议或交纳任何费用前，务必仔细阅读协议内容，并了解相关法律法规。
- 如果公司要求交纳车辆保证金或其他形式的财物，应明确拒绝并考虑是否继续与该公司建立劳动关系。
- 如已交纳保证金且公司拒绝退还，可向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
对于公司：
- 应遵守相关法律法规，不得要求劳动者交纳任何形式的财物。
- 可通过其他合法方式来确保司机的职责履行和车辆安全，如签订详细的劳动合同、制定明确的规章制度等。
总结：公司招聘司机时要求签订协议并交纳车辆保证金的行为是不合法的。司机应了解自己的权益并拒绝交纳非法费用，公司也应遵守法律法规并寻求合法方式来确保司机的职责履行和车辆安全。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。