结论前置：在合同纠纷中，即使合同中存在仲裁条款，且明知对方有违法行为，也并不意味着就无法通过法律途径解决纠纷。仲裁条款的存在并不排除所有法律救济途径，具体能否通过仲裁解决或是否需通过其他法律途径解决，需根据具体情况来判断。

1. 仲裁条款的效力与范围

• 仲裁条款的独立性：仲裁条款通常被视为合同中的一个独立部分，其效力不受合同其他部分无效或可撤销的影响。这意味着，即使合同中的其他条款因违法行为而无效，仲裁条款本身可能仍然有效。
• 仲裁范围：仲裁条款通常规定了双方同意将因合同产生的争议提交仲裁的范围。如果违法行为与合同直接相关，且属于仲裁条款约定的范围，那么理论上该争议应通过仲裁解决。

2. 违法行为对仲裁的影响

• 仲裁庭的管辖权：仲裁庭的管辖权来源于双方的仲裁协议。如果一方主张对方存在违法行为，并试图以此为由否定仲裁庭的管辖权，这通常取决于仲裁协议的具体内容以及相关法律法规的规定。在某些情况下，如果违法行为严重到构成犯罪，或者违反了公共政策，仲裁庭可能会拒绝行使管辖权。
• 仲裁裁决的承认与执行：即使仲裁庭作出了裁决，如果裁决涉及违法行为，特别是当该行为违反了执行地国的公共政策或法律法规时，裁决可能在该国不被承认和执行。

3. 法律救济途径的多样性

• 诉讼途径：如果仲裁条款被认定为无效或不可执行，或者双方同意不通过仲裁解决争议，那么受损害方可以选择通过诉讼途径来维护自己的权益。在诉讼中，法院将全面审查合同的有效性、违法行为的性质以及双方的责任等。
• 行政投诉与刑事举报：对于违法行为，受损害方还可以向相关行政机关投诉或向公安机关举报。行政机关或公安机关将依法进行调查处理，并可能对违法行为人进行行政处罚或追究刑事责任。

4. 实际操作中的建议

• 审查仲裁条款：首先，应仔细审查合同中的仲裁条款，了解其具体内容、范围以及可能存在的限制。
• 评估违法行为的影响：其次，应评估对方违法行为对合同效力、仲裁条款效力以及争议解决方式的具体影响。
• 选择合适的法律救济途径：根据评估结果，选择合适的法律救济途径。如果仲裁条款仍然有效且适用，可以考虑通过仲裁解决争议；如果仲裁条款存在问题或违法行为严重到构成犯罪，则应考虑通过诉讼、行政投诉或刑事举报等途径来维护自己的权益。

后续行动建议：如果您在合同纠纷中遇到明知对方有违法行为但合同中存在仲裁条款的情况，建议您先咨询专业律师（即我，巫阳华律师），对具体情况进行详细分析。根据分析结果，我们可以共同制定合适的法律策略，以最大程度地维护您的合法权益。