电动三轮车非法营运确实归交通运输部门管理，但同时也涉及公安机关交通管理部门和城市管理部门的协同管理。以下是对这一问题的详细分析：
交通运输主管部门的职责：
- 交通运输主管部门在道路运输管理方面负有主要职责，这包括对道路运输经营活动的监督检查，以及查处未经许可擅自从事道路运输经营的行为。电动三轮车如果未经许可从事非法营运，就属于交通运输主管部门的查处范围。
- 执法依据：根据《中华人民共和国道路运输条例》，对于未取得道路运输经营许可的非法营运行为，县级以上地方人民政府交通运输主管部门有权责令停止经营，并处以罚款。
公安机关交通管理部门的职责：
- 公安机关交通管理部门负责维护社会治安和交通秩序，对违反道路交通安全法律、法规的行为进行处罚。这包括对非法营运的电动三轮车进行处罚，如罚款、扣留车辆等。
- 执法依据：依据《中华人民共和国道路交通安全法》，公安机关交通管理部门有权对非法营运行为进行处罚。
城市管理部门的职责：
- 城市管理部门（或综合执法部门）也参与对电动三轮车非法营运的管理，主要关注其对城市交通秩序、环境卫生和市容市貌的影响。例如，对乱停乱放、随意揽客等行为进行整治。
- 执法依据：不同城市可能根据自身实际情况制定了相应的城市管理法规或规章，授予城市管理部门对影响城市秩序行为的执法权。
实际应用中的建议：
- 对于电动三轮车非法营运问题，应坚持综合治理原则，强化多部门协作机制。交通运输、公安、城市管理等部门应加强信息共享和联合执法，形成合力，共同打击非法营运行为。
- 作为电动三轮车车主或使用者，应了解并遵守相关法律法规，不要从事非法营运活动。否则，将面临罚款、扣留车辆等处罚，甚至可能承担更严重的法律责任。
- 如果您发现电动三轮车非法营运行为，可以向当地交通运输主管部门、公安机关交通管理部门或城市管理部门举报，共同维护道路运输市场秩序和保障道路交通安全。
如果您在交通运输领域遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问，我会尽力为您提供专业、全面的解答。