三轮载客摩托车非法营运确实属于交通局（交通运输主管部门）的管理范畴，但同时也涉及公安机关交通管理部门和城市管理部门的协同管理。以下是对这一问题的详细分析：
交通运输主管部门的管理职责：
- 交通运输主管部门在道路运输管理方面负有主要职责，这包括对道路运输经营活动的监督检查，以及查处未经许可擅自从事道路运输经营的行为。三轮载客摩托车非法营运，即未经许可擅自从事道路运输经营，显然属于交通运输主管部门的监管范围。
- 执法依据：根据《中华人民共和国道路运输条例》，对于未取得道路运输经营许可的非法营运行为，县级以上地方人民政府交通运输主管部门有权责令停止经营，并处以罚款。
公安机关交通管理部门的管理职责：
- 公安机关交通管理部门负责维护社会治安和交通秩序，对违反道路交通安全法律、法规的行为进行处罚。三轮载客摩托车非法营运往往伴随着违反交通规则的行为，如超载、闯红灯等，这些行为直接威胁到道路交通安全。
- 执法依据：根据《中华人民共和国道路交通安全法》，公安机关交通管理部门可对非法营运的三轮车处以罚款，并可能扣留车辆。
城市管理部门（综合执法部门）的参与：
- 城市管理部门也参与对三轮车非法营运的管理，主要关注其对城市交通秩序、环境卫生和市容市貌的影响。三轮车非法营运可能导致乱停乱放、随意揽客等问题，影响城市形象和交通秩序。
- 执法依据：不同城市可能根据自身实际情况制定了相应的城市管理法规或规章，授予城市管理部门对影响城市秩序行为的执法权。
综合治理与协同作战：
非法营运管理是交通秩序管理中的难题，需要公安、交通、城建等多部门协同作战。各部门在各自职责范围内依法履职，同时加强信息共享和联合执法，形成合力，共同打击三轮车非法营运行为。这种协同作战的模式有助于提升执法效率，确保法律法规的有效实施。
法律建议：
- 对于三轮载客摩托车车主而言，应严格遵守相关法律法规，不得擅自从事非法营运活动。否则，将面临交通运输主管部门、公安机关交通管理部门以及城市管理部门的联合处罚。
- 对于乘客而言，应选择合法合规的交通工具出行，避免乘坐非法营运的三轮车，以确保自身安全。
可能的法律后果：
- 如果三轮载客摩托车车主被查处从事非法营运活动，将可能面临罚款、扣留车辆等处罚措施。情节严重的，还可能面临更严厉的法律制裁。
如有任何关于交通运输领域的法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。