针对三轮车非法营运的管辖问题，这通常涉及多个政府部门的协同管理。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
公安机关交通管理部门：
- 职责：该部门主要负责维护社会治安和交通秩序，对违反道路交通安全法律、法规的行为进行处罚。对于非法营运的三轮车，公安机关交通管理部门有权依据《中华人民共和国道路交通安全法》进行处罚，包括罚款和扣留车辆等措施。
交通运输主管部门：
- 职责：交通运输主管部门在道路运输管理方面负有主要职责，负责对道路运输经营活动进行监督检查。对于未经许可擅自从事道路运输经营的行为，包括三轮车非法营运，县级以上地方人民政府交通运输主管部门有权依据《中华人民共和国道路运输条例》责令停止经营，并处以罚款。
城市管理部门（综合执法部门）：
- 职责：城市管理部门也参与对三轮车非法营运的管理，主要关注其对城市交通秩序、环境卫生和市容市貌的影响。对于乱停乱放、随意揽客等行为，城市管理部门有权进行整治，其执法依据可能来自不同城市根据自身实际情况制定的城市管理法规或规章。
在实际操作中，三轮车非法营运的管理往往是多部门协同作战的结果。公安、交通、城建等部门在各自职责范围内依法履职，同时加强信息共享和联合执法，以形成合力打击非法营运行为。
特殊情况说明：
- 需要注意的是，并非所有三轮车非法营运问题都直接归交通运输主管部门管辖。例如，在某些地区或特定情况下，三轮车可能不属于现行有关交通运输行政法规、规章、地方性法规调整范围之内的运输工具，此时交通运输部门可能无法依据相关法规对三轮车的运输行为进行规范。这种情况下，可能需要转由其他部门（如辖区街道办事处）进行管理。
法律建议：
- 对于三轮车非法营运问题，建议首先了解当地的具体法规和政策，以确定哪个部门具有管辖权。
- 如果发现三轮车非法营运行为，可以向相关部门进行举报，以维护道路运输市场秩序和保障道路交通安全。
- 如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。
综上所述，三轮车非法营运的管辖问题涉及多个政府部门，具体管辖部门可能因地区和法规的不同而有所差异。在处理此类问题时，应依据当地法规和政策进行判断，并加强多部门之间的协同作战。