关于三轮摩托车非法营运的处罚规定，我根据相关法律法规及政策文件，为你提供以下详细解答：
一、主要处罚措施
扣留车辆并处罚款：
- 首次查获时，执法部门通常会扣留车辆，并处以不低于一定金额的罚款（如500元），具体金额可能因地区政策而异。
- 若再次查获，罚款金额可能会加重，并可能对驾驶员进行记分处罚，如再处罚款500元并记12分。
没收违法所得并处罚款：
- 对于有违法所得的非法营运行为，交通运输主管部门会责令停止经营，没收违法所得，并根据违法所得的金额处以罚款，罚款金额为违法所得的2倍以上10倍以下。
- 若没有违法所得或违法所得不足一定金额，则直接处以一定范围内的罚款（如3万元以上10万元以下）。
刑事责任：
- 若非法营运行为情节严重，构成犯罪，将依法追究刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，可能面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金。
二、其他可能的处罚或措施
暂扣或吊销相关证件：
- 在非法营运情节严重的情况下，相关部门有权暂扣或吊销驾驶员的驾驶证等证件。
没收非法营运车辆：
- 若非法营运行为达到较为严重的程度，执法部门有权没收非法营运的三轮车。
交通违法行为的额外处罚：
- 若同时存在其他交通违法行为，如闯红灯、逆行、超载等，将依据相关法律法规进行额外处罚。
三、地方政策差异
- 需要注意的是，不同地区的具体处罚标准可能有所不同。例如，重庆市万州区分水镇人民政府发布的通告中明确规定，利用三轮车从事客运经营行为的，将没收违法所得，并处二百元以上二千元以下罚款。
四、从轻或减轻处罚的情况
- 若当事人积极配合调查处理，主动消除或者减轻违法行为危害后果，交通运输部门可能会根据具体情况从轻或减轻处罚。
五、法律建议
- 三轮摩托车非法营运是违法行为，将受到法律的严格制裁。建议三轮车驾驶员严格遵守相关法律法规，不要从事非法营运活动。
- 乘客也应选择合法合规的交通工具出行，以保障自身权益和安全。
- 若面临相关法律问题或疑问，可及时向我咨询，我将为你提供专业的法律帮助。