交通运输部门对电动三轮车非法营运的处罚主要包括以下方面：
扣留车辆并处罚款：
- 首次查获时，执法部门通常会扣留车辆，并处以不低于一定金额的罚款（如500元），具体金额可能因地区政策而异。
- 若再次查获，除扣留车辆外，还会加重罚款，并可能对驾驶员进行记分处罚，如再处罚款500元并记12分。
没收违法所得并处罚款：
- 对于有违法所得的非法营运行为，交通运输主管部门会责令停止经营，并没收违法所得。同时，根据违法所得的金额处以罚款，罚款金额为违法所得的2倍以上10倍以下。
- 若没有违法所得或违法所得不足一定金额（如2万元），则直接处以3万元以上10万元以下的罚款。
刑事责任：
- 如果非法营运行为情节严重，构成犯罪的，将依法追究刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法经营扰乱市场秩序，情节严重的，可处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金。
此外，还可能面临以下处罚或措施：
- 暂扣或吊销相关证件：在非法营运情节严重的情况下，如果三轮车驾驶员持有与驾驶相关的证件，相关部门有权暂扣或吊销其证件。
- 没收非法营运车辆：在某些地区，如果三轮车非法营运行为达到了较为严重的程度，执法部门有权没收非法营运的三轮车。
- 交通违法行为的额外处罚：如果驾驶三轮车非法营运的同时存在其他交通违法行为，如闯红灯、逆行、超载等，将依据相关法律法规进行额外处罚。
综上所述，电动三轮车非法营运将面临严厉的法律处罚。建议三轮车驾驶员严格遵守相关法律法规，不要从事非法营运活动。如果面临相关问题或有疑问，可以直接向我咨询，我将在婚姻家庭、经济纠纷、交通事故等领域提供专业的法律帮助。