交通运输执法部门（此处主要指交通运输主管部门）对三轮车电动车非法营运的处罚权需分情况讨论：
一般情况下，交通运输主管部门无直接处罚权：
- 根据贵州省交通运输厅的回复，交通运输部门管理对象不包含机动（电动）二轮、三轮摩托车及低速三、四轮电动车，也不是这些车辆管理的审批部门。因此，在一般情况下，交通运输主管部门对该类车辆无行业管理职责，也就无直接处罚权。
特定情况下，交通运输主管部门可能参与处罚：
- 尽管交通运输主管部门一般不对三轮车电动车非法营运进行直接处罚，但在某些联合执法行动中，如遂川县公安局交通管理大队联合县交通运输局、县城市管理局开展的打击非法营运专项整治行动，交通运输主管部门可能会参与对非法营运行为的查处。这种联合执法行动通常是为了更有效地打击非法营运行为，维护道路交通秩序和安全。
- 在此类联合执法行动中，交通运输主管部门可能会依据其职责，对非法营运行为进行调查、取证，并协助其他执法部门进行处罚。但具体的处罚措施和力度，通常还是由负责该领域的执法部门（如公安机关交通管理部门或城市管理部门）来执行。
非法营运三轮车的综合管理：
- 非法营运三轮车的管理涉及多个政府部门，包括公安机关交通管理部门、交通运输主管部门以及城市管理部门。各部门依据相关法律法规，共同维护道路运输市场秩序和保障道路交通安全。
- 对于非法营运三轮车，各部门应加强协同作战和信息共享，形成合力打击非法营运行为。同时，也应加大宣传力度，提高公众对非法营运危害性的认识，鼓励群众积极举报非法营运行为。
法律建议：
- 如果您或他人涉及三轮车电动车非法营运问题，建议首先了解当地的相关法律法规和政策规定，明确各部门的职责和执法依据。
- 在面对执法部门的检查和处罚时，应积极配合并遵守相关法律法规，避免产生不必要的法律纠纷和后果。
- 如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。