结论：若因单位原因未能进行工伤认定，单位自行赔偿时的鉴定依据主要可参考医疗机构的诊断证明、劳动能力鉴定委员会的鉴定结论（若后续补办或单位认可）、以及相关法律法规中关于工伤认定的实质性标准。以下从不同角度详细分析：
医疗机构的诊断证明：
- 法律依据：根据《工伤保险条例》及相关规定，工伤的认定首先基于医疗机构的诊断。即使未进行正式的工伤认定程序，医疗机构的诊断证明也是判断伤情、确定赔偿范围的重要依据。
- 应用：单位在自行赔偿时，应要求员工提供完整的医疗记录，包括病历、诊断证明、检查报告等，以确认伤情的真实性和严重程度。
劳动能力鉴定委员会的鉴定结论（若后续补办或单位认可）：
- 特殊情况处理：虽然单位原因导致未能及时进行工伤认定，但如果后续能够补办或单位认可劳动能力鉴定委员会的鉴定结论，该结论将作为赔偿的重要依据。
- 鉴定内容：劳动能力鉴定主要评估员工的伤残等级、生活自理能力等，这些评估结果直接影响赔偿的金额和范围。
相关法律法规中关于工伤认定的实质性标准：
- 工伤定义：根据《工伤保险条例》，工伤通常指在工作时间和工作场所内，因工作原因受到的事故伤害，或患职业病等。单位在自行赔偿时，应参照这些实质性标准来判断是否构成工伤。
- 举证责任：在单位自行赔偿的情况下，单位可能需要承担一定的举证责任，证明员工的伤情与工作无关或不符合工伤认定的标准。但若单位无法提供充分证据，且员工能提供初步证据表明伤情与工作有关，单位应倾向于认定为工伤并进行赔偿。
实际操作建议：
- 协商与调解：在单位自行赔偿的过程中，建议双方通过协商或调解的方式解决争议。这可以节省时间和成本，同时维护双方的合作关系。
- 书面协议：无论赔偿金额多少，都应签订书面协议明确赔偿范围、金额、支付方式等条款，以避免后续纠纷。
- 法律咨询：虽然单位在自行赔偿，但考虑到工伤赔偿的复杂性和专业性，建议单位在赔偿前咨询专业律师（如我），以确保赔偿的合法性和合理性。
后续行动建议：若单位与员工在赔偿问题上存在争议或无法达成一致，建议及时寻求法律途径解决。同时，单位应加强内部管理，确保及时为员工办理工伤认定手续，以避免类似情况再次发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。