员工擅自缺勤，用人单位不能随意扣工资，需根据具体情况依法处理，具体如下：

1. 若员工缺勤无合理理由，且违反公司规章制度
   根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
   操作建议：

   • 公司需有明确的规章制度（如《考勤管理制度》），规定缺勤的扣款标准（如旷工一天扣当日工资的200%，但需符合前述20%上限原则）；
     
   • 规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示或告知员工；
     
   • 扣款前需与员工确认缺勤事实（如考勤记录、员工签字确认的缺勤说明）。

2. 若员工缺勤有合理理由（如突发疾病、不可抗力）
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因病或非因工负伤需停止工作医疗时，在医疗期内用人单位不得随意扣工资（需支付病假工资，标准不低于当地最低工资的80%）。
   操作建议：

   • 要求员工提供证明材料（如医院诊断证明、病假条）；
     
   • 按公司规章制度或当地规定支付病假工资，而非直接扣款。

3. 若员工缺勤构成严重违反规章制度（如连续旷工超3天）
   根据《劳动合同法》第三十九条，用人单位可解除劳动合同且无需支付经济补偿。但解除前需确保：

   • 规章制度明确规定“连续旷工X天属于严重违纪”；
     
   • 解除程序合法（如通知工会、送达解除通知）；
     
   • 保留员工缺勤的证据（如考勤记录、催岗通知）。
     注意：此时扣款已非重点，解除合同合法性更关键。

风险提示：

• 随意扣款可能被认定为“未及时足额支付劳动报酬”，员工可依据《劳动合同法》第三十八条主张被迫解除合同并要求经济补偿；
  
• 扣款需保留书面证据（如员工签字确认的扣款通知），否则可能面临举证不能的风险。

建议行动：

1. 立即核查公司规章制度是否完善；
   
2. 与员工沟通确认缺勤原因，要求提供证明材料；
   
3. 根据情况选择扣款、按病假处理或解除合同，并留存证据。
   

如有具体案例或细节需要进一步分析，可直接向我咨询。