关于您提出的“单位发工资一半打卡一半现金是否合法”的问题，这确实是一个涉及税务、社保及劳动法等多方面的复杂问题。以下是我为您详细分析的解答：

一、工资支付方式的合法性基础

工资支付方式本身，无论是全部通过银行卡支付，还是部分银行卡支付、部分现金支付，并不直接构成违法。关键在于这种支付方式是否符合税务、社保及劳动法的相关规定。

二、合法合规的情况分析

1. 企业管理与员工需求：

   • 企业可能因管理需要，如灵活调整工资支付方式以适应不同员工的实际情况，或员工因特殊原因（如无银行卡、银行卡使用受限等）而提出部分现金支付的需求。在这种情况下，只要企业履行了纳税申报、社保缴纳等法定义务，这种支付方式是可以接受的。

2. 法定货币支付：

   • 无论是银行卡支付还是现金支付，都属于按法定货币支付工资，不违反法律规定。但关键在于，企业必须确保所有支付的工资都如实入账，并依法纳税。

三、存在违法风险的情况分析

1. 税务问题：

   • 逃税风险：如果企业利用现金支付部分隐瞒实际收入，少申报、少缴纳税款，这就构成了偷税漏税行为，将面临税务部门的严厉处罚。
   • 凭证缺失：现金支付若无完善的签收记录等凭证，可能导致在税务检查时无法证明费用的真实性和合理性，进而引发税务调整和处罚。

2. 社保问题：

   • 缴费基数不实：社保缴费基数应基于员工工资总额确定。如果企业仅按打卡部分计算社保缴费基数，而低于实际工资水平，这就违反了《社会保险法》的规定，可能面临社保部门的追缴和处罚。

3. 劳动纠纷风险：

   • 支付证据问题：在劳动纠纷中，现金支付部分若缺乏有效证明，可能给员工带来证明工资实际发放金额的困难，影响其合法权益的维护。同时，企业也可能因缺乏完善记录而在劳动争议中处于不利地位。

四、总结与建议

1. 遵循法律法规：工资支付方式的选择应严格遵循税务、社保及劳动法的相关规定，确保劳动者的合法权益得到充分保障。

2. 完善财务管理：用人单位应依法履行纳税义务，完善财务和税务管理，确保所有支付的工资都如实入账并依法纳税。

3. 透明规范支付：建议企业采用更加透明、规范的支付方式，如全部通过银行卡支付，以减少法律风险和纠纷的发生。

4. 保留完整凭证：在特殊情况下需采取部分现金支付时，应确保有完善的签收记录和凭证，以应对可能的税务检查和劳动争议。

综上所述，工资一半打卡一半现金的支付方式在符合税务、社保及劳动法相关规定的前提下是合法的，但企业必须谨慎操作，确保所有支付的工资都如实入账并依法纳税，以避免潜在的法律风险。