结论：员工在职仲裁期间，单位只发基本工资并不直接等同于违法解除劳动合同，但可能涉及其他违法行为，具体需根据实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、单位只发基本工资是否构成违法解除
违法解除的定义：违法解除劳动合同是指用人单位在没有法定事由或未按照法定程序的情况下，单方面解除与劳动者的劳动合同。这通常涉及劳动合同的终止，而非工资支付问题。
单位只发基本工资的性质：单位在员工在职仲裁期间只发基本工资，并不直接表明其解除了与员工的劳动合同。这种行为可能更多地与工资支付、劳动报酬调整或单位经济状况有关，而非直接涉及劳动合同的解除。
二、单位只发基本工资可能涉及的违法行为
未足额支付劳动报酬：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果单位在仲裁期间只发基本工资，而未支付其他应得的劳动报酬（如奖金、津贴等），则可能构成未足额支付劳动报酬的违法行为。
违反劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了员工的工资构成和支付方式，而单位在仲裁期间擅自改变工资支付方式，只发基本工资，则可能违反了劳动合同的约定，员工有权要求单位按照合同约定支付工资。
三、员工应如何应对
收集证据：
- 员工应收集与工资支付相关的证据，如工资条、银行转账记录、劳动合同等，以证明单位未足额支付劳动报酬或违反劳动合同约定。
与单位协商：
- 在掌握充分证据的基础上，员工可以尝试与单位进行协商，要求单位按照合同约定或法律规定支付工资。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求单位支付未足额支付的劳动报酬或承担其他法律责任。对劳动仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
四、注意事项
- 仲裁期间工资支付：在劳动仲裁期间，单位应继续按照劳动合同约定和国家规定支付员工工资。如果单位因经济困难等原因无法按时支付工资，应与员工协商并达成一致意见，避免引发不必要的法律纠纷。
- 法律咨询：由于劳动纠纷涉及复杂的法律关系和程序，员工在处理此类问题时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
总结：单位在员工在职仲裁期间只发基本工资，并不直接构成违法解除劳动合同，但可能涉及未足额支付劳动报酬或违反劳动合同约定等违法行为。员工应收集证据、与单位协商，并在必要时申请劳动仲裁或提起诉讼以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。