针对您提出的“邻居建房有协议建房总高5.8米，现在超高了，起诉法院一般怎么判，是否只判违约就完事了”的问题，以下是我的详细解答：

1. 法院判决的基本原则：

   • 法院在审理此类案件时，会首先审查双方签订的建房协议，确认协议中关于房屋高度的具体约定。
   • 若邻居确实违反了协议中的高度限制，法院会认定其构成违约。

2. 判决内容可能包括：

   • 违约责任：法院会判决邻居承担违约责任，这通常包括要求邻居停止继续超高建设，并可能要求其拆除超高部分以恢复原状。这是为了确保协议得到履行，维护您的合法权益。
   • 赔偿损失：如果邻居的超高行为给您造成了实际损失（如影响采光、通风，或导致房屋价值下降等），法院还可能判决邻居赔偿您的相应损失。赔偿金额会根据实际损失情况、双方过错程度等因素综合确定。
   • 其他补救措施：根据案件具体情况，法院还可能采取其他补救措施，如要求邻居支付违约金（如果协议中有约定）、采取防止损失扩大的措施等。

3. 是否只判违约就完事了：

   • 并非如此。法院的判决不仅限于认定违约，还会根据违约的具体情况和后果，判决邻居承担相应的法律责任，包括但不限于停止侵害、恢复原状、赔偿损失等。
   • 法院的判决旨在全面、公正地解决纠纷，保护您的合法权益，而不仅仅是确认违约事实。

4. 建议与注意事项：

   • 收集证据：在起诉前，您应收集好与建房协议相关的所有证据，包括协议文本、照片、视频等，以证明邻居确实违反了协议中的高度限制。
   • 咨询专业律师：虽然我可以为您提供法律咨询，但在实际起诉前，建议您咨询专业律师，以便更准确地评估案件情况、制定诉讼策略。
   • 关注诉讼时效：请注意诉讼时效问题，确保在法定期限内提起诉讼，以免丧失胜诉权。

总结来说，法院在审理此类案件时，会全面审查协议内容、违约事实及后果，并判决邻居承担相应的法律责任，而不仅仅是确认违约。因此，您不必担心法院只会判决违约而忽略其他责任。如果您有进一步的法律问题或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。