结论：这种做法是有问题的，可能涉及违反财务规定、税务问题以及劳动法律关系中的工资支付规定等多个方面。
分析如下：
财务与税务问题：
- 公司每月实际支付你6000元，但要求你返还1000元，这种操作可能构成公司财务上的不真实记录。公司账面上显示支付了你6000元，但实际上你只收到了5000元，这可能导致公司财务报表不真实，违反财务规定。
- 从税务角度来看，公司如果按照6000元为你申报个人所得税，而你实际上只收到了5000元，那么这1000元的差额部分可能涉及偷逃税款的问题，对你和公司都可能带来税务风险。
劳动法律关系中的工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。公司要求你返还部分工资的行为，可能构成对工资的克扣，违反了劳动法律的规定。
- 此外，如果这种操作是公司为了规避某些法律义务（如社会保险、公积金等缴纳基数）而采取的，那么还可能涉及更严重的法律问题，如欺诈、逃避法律义务等。
实际操作中的风险：
- 对于你个人而言，虽然短期内可能看似获得了额外的利益（即公司先支付了6000元），但长期来看，这种操作可能给你带来不必要的法律风险和麻烦。一旦公司出现问题或者这种操作被相关部门发现，你可能会面临税务调查、法律追责等风险。
- 对于公司而言，这种操作同样存在巨大的风险。除了可能面临的财务和税务问题外，还可能损害公司的声誉和信誉，影响公司的长期发展。
建议：
- 与公司沟通：首先，你可以与公司的人事部门或相关负责人进行沟通，明确表达你对这种操作方式的疑虑和担忧，要求公司按照实际工资数额进行支付和申报。
- 保留证据：如果公司坚持这种操作方式，你需要保留好相关的证据（如工资条、银行转账记录、与公司的沟通记录等），以备不时之需。
- 寻求法律帮助：如果公司拒绝改正或者你因此遭受了损失，你可以考虑寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
总之，这种工资支付方式存在诸多问题和风险，建议你谨慎对待并尽快与公司沟通解决。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。