结论：砖厂违法占用农用地多年，不能通过补办土地流转手续直接合法化，需根据具体违法情形承担法律责任后，再依法办理用地审批手续。
1. 违法占用农用地的法律定性
根据《土地管理法》第四条、第四十四条，农用地（如耕地、林地、草地等）转为建设用地需依法办理审批手续。若砖厂未取得用地审批（如未通过农用地转用审批、未取得建设用地规划许可证等），即使占用多年，仍属于违法用地行为，不受法律保护。
2. 补办手续的合法性边界
- 补办手续的前提是“合法化整改”：若砖厂希望继续使用土地，需先接受自然资源主管部门的行政处罚（如罚款、责令退还土地、限期拆除或没收地上建筑物等），再依法补办用地审批手续。
- 补办手续不等于“免责”：即使补办手续，若占用行为已构成犯罪（如非法占用农用地罪，需占用基本农田5亩以上或基本农田以外的耕地10亩以上），仍需承担刑事责任（《刑法》第三百四十二条）。
3. 土地流转手续的适用范围
- 土地流转≠用地审批：土地流转通常指农村土地承包经营权的流转（如转包、出租、互换等），仅涉及土地经营权变更，不改变土地用途。若砖厂占用农用地用于非农业建设（如建厂），需办理的是农用地转用审批和建设用地审批，而非土地流转手续。
- 流转手续无法“覆盖”违法行为：即使砖厂与村集体或农户签订了土地流转协议，若未依法办理用地审批，该协议可能因违反法律强制性规定而无效（《民法典》第一百五十三条）。
4. 合法化路径建议
- 立即停止违法行为：砖厂应停止占用农用地，避免扩大损失。
- 接受行政处罚：主动联系当地自然资源主管部门，配合调查并接受处罚（如罚款、退还土地等）。
- 依法补办手续：在符合土地利用总体规划的前提下，申请农用地转用审批和建设用地审批，缴纳相关税费后，方可合法使用土地。
- 刑事风险防范：若占用面积达到刑事立案标准，建议咨询律师评估风险，必要时争取从轻或减轻处罚（如自首、配合退耕等）。
5. 风险提示
- “补办手续”不等于“既往不咎”：行政机关可能对历史违法用地行为进行追溯处罚，尤其是涉及耕地保护红线或生态敏感区域的案件。
- 民事赔偿风险：若占用行为导致农户或村集体损失（如土地收益减少），可能面临民事赔偿诉讼。
总结：违法占用农用地需先承担法律责任，再通过合法程序补办用地手续，仅补办土地流转手续无法实现合法化。建议砖厂尽快咨询专业律师，制定整改方案，降低法律风险。如有进一步问题，可直接向我提问。