针对“未按合同约定施工的工程款如何处理”这一问题，核心结论需结合具体违约情形及合同条款综合判断，以下是分情况说明：

1. 若施工方未按约定施工但工程质量合格
   根据《民法典》第799条，验收合格的工程，发包方应按约定支付工程款。即使存在未完全按合同施工的情形（如工期延误、部分材料品牌不符等），若最终工程质量达标且未造成实际损失，发包方仍需支付工程款，但可依据合同约定主张违约金或要求赔偿工期延误等损失。
   建议：发包方应固定证据（如施工记录、监理报告、验收合格证明等），通过协商或诉讼要求施工方承担违约责任，而非直接拒付工程款。

2. 若施工方未按约定施工且工程质量不合格
   根据《民法典》第801条，发包方有权要求施工方无偿修理或返工、改建；若经修理或返工后仍不合格，发包方可拒绝支付工程款，并要求施工方赔偿损失（如拆除费用、重新施工费用、工期延误损失等）。
   关键点：发包方需证明工程质量不合格与施工方违约行为之间的因果关系，例如通过第三方检测机构出具的质量鉴定报告。

3. 若合同明确约定“未按约定施工可扣减工程款”
   若合同中已约定具体扣减规则（如“使用非约定品牌材料，按材料价差2倍扣款”），则发包方可直接依据合同主张扣减。但需注意：

   • 扣减条款需符合《民法典》第497条关于格式条款无效的情形（如显失公平、免除发包方责任等）；
     
   • 扣减金额需与违约行为造成的损失相当，否则施工方可主张调整。

4. 若施工方主张“未按约定施工系发包方原因导致”
   若施工方能证明未按约定施工是因发包方变更设计、未及时提供施工条件等原因导致（如通过会议纪要、往来函件等证据），则可能构成“情势变更”或“发包方违约”，施工方可主张免除部分责任或要求发包方补偿额外费用。
   例外：若施工方未在合理期限内提出异议，可能被视为默认接受变更。

行动建议：

• 对发包方：立即固定违约证据（如施工记录、照片、监理通知等），委托第三方检测机构出具质量报告，依据合同条款发送书面催告函要求整改或赔偿；
  
• 对施工方：若认为发包方扣款不合理，可主张调整扣减金额或反诉要求支付工程款，同时需证明自身违约行为与发包方损失之间无因果关系或损失金额被高估。
  

具体案件需结合合同条款、实际履行情况及证据综合判断，如有进一步细节可向我补充说明。