结论：单位一般不可以因员工涉及交通肇事罪而随意扣发薪金，但具体是否扣发以及扣发的程度，需根据员工是否因交通肇事罪被依法追究刑事责任、是否给单位造成损失以及单位规章制度等因素综合判断。

分析说明：

1. 员工未被依法追究刑事责任时：

   • 如果员工虽然涉及交通肇事，但并未被依法追究刑事责任（例如，因情节轻微、证据不足或获得被害人谅解等原因未被起诉或判决无罪），那么单位通常没有法律依据扣发其薪金。
   • 薪金是员工因提供劳动而应得的报酬，与员工是否涉及刑事犯罪无直接关联。在员工未被依法追究刑事责任的情况下，单位扣发薪金可能构成违法。

2. 员工被依法追究刑事责任时：

   • 如果员工因交通肇事罪被依法追究刑事责任（例如，被判处有期徒刑、拘役或罚金等），那么单位可以根据其规章制度以及相关法律法规的规定，考虑是否扣发薪金。
   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工被依法追究刑事责任的，用人单位可以解除劳动合同。在解除劳动合同前，如果员工仍在单位工作，单位通常应支付其工资。但如果员工因被羁押等原因无法提供劳动，单位可能根据规章制度或劳动合同约定不支付或部分支付工资。
   • 如果员工给单位造成了损失（例如，因交通肇事导致单位车辆损坏、业务中断等），单位可以根据《中华人民共和国工资支付暂行规定》的相关规定，要求员工赔偿损失，并从其工资中扣除相应金额。但扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。

3. 单位规章制度的影响：

   • 单位规章制度是单位内部管理的重要依据。如果单位规章制度中明确规定了员工涉及刑事犯罪时薪金的扣发标准或方式，那么单位可以按照规章制度执行。
   • 但单位规章制度必须合法合规，且不得违反法律法规的强制性规定。如果规章制度中的扣发薪金条款违法或不合理，员工有权向劳动争议调解仲裁机构或人民法院申请撤销或变更。

行动建议：

• 对于员工：如果涉及交通肇事罪，应积极配合司法机关的调查和处理，同时关注自己的薪金发放情况。如果认为单位扣发薪金违法或不合理，可以向劳动争议调解仲裁机构或人民法院申请仲裁或诉讼。
• 对于单位：在制定规章制度时，应明确员工涉及刑事犯罪时薪金的扣发标准或方式，并确保规章制度合法合规。在处理员工涉及刑事犯罪的情况时，应依法依规进行，避免侵犯员工的合法权益。

法律后果：

• 如果单位违法扣发员工薪金，员工有权要求单位补发工资并支付经济补偿金。同时，单位还可能面临劳动行政部门的处罚。
• 如果员工因交通肇事罪给单位造成损失且拒不赔偿，单位可以通过法律途径追究员工的赔偿责任。